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目的对2012年手足口病流行期间天津市儿童医院收治入院的重症手足口病(HFMD)患儿进行病原学分析,了解重症病例肠道病毒71型(EV71)的检出和其他病原体的流行趋势变化,探讨不同临床标本及IgM抗体检测对于EV71感染的早期诊断价值,同时通过VP1全基因扩增了解EV71流行株的的型别和基因特征,为天津市EV71病毒毒株的基因库及其分子流行病学研究补充资料,为本地区重症手足口病的监测、治疗和预后提供参考。方法以2012年7月至9月天津市儿童医院收治入院的98例重症手足口病患儿为研究对象,收集临床标本共188份,包括咽拭子79份,粪便86份,脑脊液23份,其中67例患儿同时留取咽拭子和粪便标本。整理患儿临床资料,提取病毒核酸,采用三通道一步法实时荧光RT-PCR检测总肠道病毒(EV)、肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16(CA16),同时采用ELISA法检测患者血清中的EV71特异性IgM抗体。然后从EV71阳性标本中选取部分病例进行EV71的VP1全基因扩增,并进行核苷酸序列比对和遗传进化分析。结果98例重症HFMD患儿中EV71的阳性率为60.2%(59/98)；CA16的阳性率为10.2%(10/98)；非EV71非CA16的其他类型肠道病毒(NENC)占16.3%(16/98)；EV总阳性率为82.7%(81/98),同时有4例患儿为EV71和CA16双阳性。本组重症病例中男女性患儿的比例大约为2：1,二者的肠道病毒检出率无显著统计学差异。5岁以下的患儿占95.9%,75.5%在6个月到2岁之间,不同年龄组患儿的肠道病毒检出率差异无统计学意义。粪便标本的肠道病毒阳性率显著高于咽拭子标本,分别为82.6%和53.2%。23份脑脊液标本中均未检测到肠道病毒核酸。ELISA法检测的血清EV71IgM抗体阳性率为70.4%,高于荧光RT-PCR检测的病毒核酸阳性率(60.2%)。16株EV71VPl全基因序列的遗传进化分析表明本研究中的EV71毒株属于C4a亚型。结论1、2012年天津市重症手足口病的病原体以EV71为主,其次是EV71和CA16以外的其他肠道病毒。2、重症手足口病的易感人群为5岁以下的儿童,尤其是2岁以下患儿,应警惕幼龄儿童发展为重症的可能,但是肠道病毒检出率无明显性别和年龄差异。3、粪便标本的病毒检出率高于咽拭子,检测结果更稳定,更适合做病原学检测以辅助疾病的早期诊断,脑脊液中不易检测到病毒。4、ELISA法IgM抗体检测操作简单、快速经济,能够满足基层医疗机构EV71感染的防控需求。5、2012年度天津市导致重症手足口病的EV71优势毒株为C4a基因亚型。