某规模化种鸽场鸽圆环病毒的检测及遗传进化分析

来源 :新疆农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lurenjia1983
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鸽圆环病毒(PiCV)是圆环病毒科的一个新成员,目前被认为是青年鸽病综合征(YPDS)的致病病原。如同多数圆环病毒,PiCV可在增殖的细胞和免疫系统细胞中加速复制,导致淋巴细胞比率偏低、免疫力下降及鸽免疫系统损伤,可进而出现其它病原的继发感染。为了解新疆和田地区某规模化种鸽场PiCV感染情况,本研究抽样采集了该鸽场粪便样品716份,根据GenBank已发表的PiCV序列,设计检测引物1对,对该种鸽场粪便样品进行PCR扩增,获得与预期317 bp大小相符的DNA片段,经测序比对确认为PiCV特异性序列。PiCV检出率为69.97%(501/716),结果表明该种鸽场存在PiCV的感染,感染情况较严重。检测结果提示鸽场应积极考虑PiCV的防控。为解析该种鸽场PiCV的潜在来源,对本研究检测到的PiCV的两个主要ORFs即OFR V1(Rep)和ORF C1(Cap)基因及病毒全长基因序列进行分析。设计3对引物,对病鸽肝脏组织样品分别扩增PiCV Cap、Rep及病毒全基因,获得与预期分别为898 bp、992 bp及2 031 bp大小相符的DNA片段,将目的片段纯化,进行基因克隆和测序,测序后的基因序列经BLASTn比对,证实为PiCV的Cap、Rep及全长基因。比对分析显示所检测阳性样品病原来源一致,因此命名为PiCV-XJ2018,并应用MEGA5.0将PiCV-XJ2018与国内外30余株PiCV序列进行遗传进化分析,以探究PiCV-XJ2018毒株可能的来源。研究结果表明:其Cap基因与GF82/Guangdong/2014(KX108805)毒株核苷酸同源性为94.98%,Rep基因与GF71/Guangdong/2014(KX108799)毒株核苷酸同源性为97.17%。Cap和Rep基因遗传进化分析结果显示,PiCV-XJ2018毒株与国内2014年检测的广东株及上海株亲缘关系较近。PiCV全基因组序列PiCV-xj1/2018与国内外36株PiCV全基因组序列进行比较分析。研究结果表明:自测全基因组PiCV-xj1/2018株与GF17/Guangdong/2014(KX108806)的核苷酸同源性为94.7%,氨基酸同源性为94.6%;37株全基因核苷酸同源性在85.2%~94.7%之间。全基因组遗传进化分析结果显示,PiCV-xj1/2018株与国内2014年广东、上海及江苏一带的毒株处于一个大分支,与2014年广东株在一个小分支。PiCV的Cap、Rep及全长基因序列分析都表明本鸽场PiCV与2014年广东株亲缘关系最近。综上,本文对新疆地区某规模化种鸽场PiCV进行调查,结果显示被调查种鸽群存在一定比例PiCV感染(阳性率69.97%),这是新疆首次检测并确认鸽群中存在圆环病毒。PiCV序列遗传进化分析表明新疆该鸽场发病毒株与广东株同源性最高,亲缘关系最近,推测该毒株可能来源于广东地区。本研究将为本地区鸽圆环病毒的防控提供数据参考,病毒基因序列分析为该病诊断方法的建立及致病机制研究奠定基础。
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