明清时期河南地区书院的发展具有区别于其他地区的地域特征,同时也与全国书院发展的大环境息息相关。明清时期河南地区书院的名称有以所在地、历史事件或历史人物、当地祥兆而命名的,也有以倡导修身治学为目的对书院命名的,彰显出书院命名的地域文化。河南地区书院的择址前后有所不同,在明代,书院受官方控制不大,择址带有一定随意性,而到了清代,随着河南书院官学化不断加深,书院多分布在城区。明清时期河南地区书院的建筑主要包括祭祀、教学、藏书、生活、游憩五大功能分区,而具体到每个书院,其建筑布局和风格都各有不同。河南地区书院的学规源于宋人戚同文为应天府书院制定的学规,完善于聂良杞为百泉书院制定的《学约六条》；进入清代,各地书院根据自身发展状况制定出相应的学规,内容涉及办学宗旨、进修德业、读书治学等；学规的不断完善,为书院的发展提供了制度和理论依据。在明清时期河南地区书院的教学活动中,祭祀活动对于书院的长期发展有着特殊的意义；书院的祭祀对象有孔子及其弟子和不同时代在儒学理论创发、儒家价值观念弘扬等方面做出重大贡献者,以及对书院做出贡献的名宦、名儒,甚至还有一些神灵；书院的祭祀活动提高了书院内部的凝聚力,同时也促进了书院与当地文化的交融。终明一代,受心学及三次禁毁书院的影响,河南地区书院的藏书和刻书活动不见起色；到了清代,在清廷和地方官员的支持下,书院藏书和刻书事业趋向兴盛发达的局面,同时带动着藏书管理制度的变革,在这方面开封大梁书院具有一定的典型性。河南地区的书院因规模大小不同,其组织结构的繁简程度有所不同；河南地区书院经费的筹措方式主要有政府拨款、个人捐款、学田收入、发当生息等,书院坚持量入为出的原则,其经费主要用于支付院长束修、生员膏火及勤杂人员的工食银；书院学田的开发有多种渠道,而田租的收取又有多样性的一面。