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草鱼(Ctenopharyngodon idellus)是我国著名的“四大家鱼”之一。由于自然和人为因素的影响，致使长江水系“四大家鱼”资源日趋衰退(李思发，2001)。针对草鱼出现的种质退化现状一以及草鱼在我国淡水养殖中的重要地位，本论文运用mtDNA DNA D-Loop的PCR-RFLP技术和微卫星DNA技术，分别对采自长江中游干流瑞昌段和湘江支流长沙段的2个野生群体及天津宁河人工繁殖群体的草鱼共计144个个体进行了遗传多样性分析。以期比较长江干流以及湘江草鱼的遗传差异，更好地了解不同群体草鱼的遗传结构，从而为草鱼的遗传资源评估以及有效地保护和利用草鱼种质资源提供理论依据，促进我国淡水渔业持续稳定地发展。
1．使用L15923和H1067引物对三个群体的144尾草鱼mtDNA的D-Loop区段进行PCR扩增，用11种核酸内切限制酶对扩增产物进行酶切。结果显示，扩增出的142尾实验鱼的mtDNA D-Loop区段为1.6kbp，长沙群体中的2尾为1.8kbp，个体间存在长度变异现象；6种限制酶具有酶切位点，共检测到2种单倍型，其中长沙群体中有长度变异的2尾为一种单倍型，另外142尾为另一种单倍型；瑞昌和宁河两群体内的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均为0，而长沙群体内单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.0816、0.00315；长沙群体与瑞昌(或宁河)群体间的核苷酸歧化距离以及 Rogers遗传距离分别为0.0000343和0.6783；X<2>检验结果显示三个群体间的遗传差异不显著(P>0.05)。由此表明草鱼mtDNAD-Loop区段的遗传多样性很低。
2．依据草鱼微卫星DNA的测序结果，初步设计了10组微卫星引物，合成了6组，在每组上游引物5’末端标记生物素。筛选出3组引物进行了三个群体草鱼共计144个个体的微卫星DNA传多样性分析。共获得52个等位基因；草鱼的瑞昌、长沙以及宁河三个群体的平均单位基因座位等位基因数分别为8.7、14和12个；3个微卫星基因座位的多态信息含量(PIC)为0.2953-0.904，GC-4和GC-6两个基因座位的平均PIC值分别为0.794、0.859(PIC>0.5)，两位点为高度多态位点，GC-5基因座位的平均PIC值为0.323(0.2)为0.0144，远小于0.05，说明这三个草鱼群体间只存在轻微分化，也可以认为群体间的遗传分化是非常微弱的。瑞昌与长沙群体间的Nei遗传距离最近，为0.041，两群体聚成一支；瑞昌和宁河群体间的遗传距离最远，为0.087，因此，宁河群体单独形成一支。