农民专业合作社是促进我国现代农业的最佳载体，是解决三农问题，提高农民生产生活水平的必由之路。2007年7月1日,《中华人民共和国农民专业合作社法》的实施标志着我国农民专业合作社进入依法发展的新阶段。据农业部统计，截至2010年8月，全国依法登记的农民专业合作社超过27.25万个。数量的增长带来的却是合作社功能不健全和功能虚弱等问题，直接影响着合作社的绩效水平。本文以西方合作社理论、交易费用理论、产权理论、公共物品理论和马克思主义农民专业合作社理论为基础，采用定性分析与定量分析相结合的方法。在问卷调查与资料分析的基础上，以陕西省29家农民专业合作社为样本，对其绩效水平进行测算，归纳陕西省农民专业合作社绩效存在的问题。首先，从合作社的组织建立、外部效应出发，对合作社建立所应具备的功能进行分析，确定农民专业合作社功能体系。其次，在功能建设的基础上建立合作社综合绩效评价指标体系，该体系主要由服务功能绩效、经济功能绩效、社会功能绩效、生态功能绩效4个一级指标，11个二级指标和一系列三级指标构成，采用专家评分法确定各一级二级三级指标的权重。然后，通过对陕西省农民专业合作社发展较好的9个县区29家农民专业合作社进行实地调研，通过层次分析法计算各合作社的综合绩效值，对29家农民专业合作社综合绩效水平进行排序。最后，应用因子分析法对所调研数据进行分析，得出各合作社的绩效值并进行排序，与层次分析法进行对比说明本文所建立农民专业合作社绩效评价体系的科学性和合理性。通过对陕西省29家农民专业合作社绩效水平的研究，指出陕西省农民专业合作整体绩效水平较低，合作社区域发展不协调，绩效水平差异化较大；陕西省农民专业合作社绩效不高的原因在于功能建设不完善，主要表现在：服务功能不健全，经济功能不显著，社会功能不够重视，生态功能有待提高。