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沙门氏菌是重要的食源性病原菌,其耐药性问题给人类健康带来了重大威胁。本文调查了我国七省份多个地区的食品动物源沙门氏菌的流行分布特征与耐药情况,并进一步探讨了多重耐药印第安纳沙门氏菌中的16S rRNA甲基化酶的分子传播特征,以期为沙门氏菌的耐药性风险评估提供基础数据和减少沙门氏菌耐药性提供理论依据。20162017年,采集广东、江苏、江西、福建、广西、浙江和海南等地区2163份样品,经过分离与鉴定获得310株沙门氏菌,分离率为14.3%。鸭源样品中沙门氏菌的分离最高为26.3%（85/323）,猪源、鸡源和鹅源样品中沙门氏菌的分离率无明显差异。310株沙门氏菌,成功分型297株,包括19个血清型,优势血清型为鼠伤寒沙门氏菌、德尔卑沙门氏菌、火鸡沙门氏菌、印第安纳和里森沙门氏菌。采用琼脂稀释法对310株沙门氏菌进行药物敏感性试验。结果显示,沙门氏菌对包括头孢噻肟和环丙沙星等6种药物的耐药率均达到60.0%以上,对阿米卡星、黏菌素和磷霉素的耐药率低于5%。不同血清型沙门氏菌耐药性差异较大,多重耐药最为严重的是印第安纳沙门氏菌,其对7种以上抗菌药耐药的菌株数占96.4%（27/28）;其次是鼠伤寒沙门氏菌,7重耐药以上占55%（55/100）,其他血清型多重耐药无明显差异。采用PCR方法检测310株沙门氏菌中ESBLs、PMQR和16S rRNA甲基化酶等基因的流行分布情况。ESBLs基因中,blaCTX-M基因检出率为12.9%,占主导的亚型为blaCTX-M-55（32株）,其次是blaCTX-M-27（8株）和blaCTX-M-14（2株）,未检出其它亚型。此外,blaCTX-M-55和blaCTX-M-27在8株菌中同时检出;blaTEM-1和bla OXA-1的检出率分别26.5%和35.5%。PMQR基因中aac（6’）-Ib-cr检出率最高,为36.1%;其次是oqxAB,为35.2%,其余PMQR基因检出较少,qepA检出10株,qnrS、qnrB和qnrD各检出2株。16S rRNA甲基化酶基因检出13株,其中12株rmtB和1株armA,均为印第安纳沙门氏菌,且它们同时对头孢噻肟,阿米卡星和环丙沙星呈现高水平耐药。采用PFGE和MLST方法分析28株印第安纳沙门氏菌的亲缘关系。所有菌株均为ST17型,PFGE均分型成功,有13个谱型,其中携带rmtB/armA基因的13株菌分为7个PFGE谱型。携带rmtB基因的10株菌,分为4个PFGE谱型,呈现高度相似,说明rmtB阳性菌株在局部区域存在克隆传播。对rmtB/armA沙门氏菌进行接合转移试验,只有10株rmtB沙门氏菌接合成功。未能接合成功的3株进行I-CeuI-PFGE和Southern杂交发现,rmtB和armA位于染色体。10株接合子中发现,在8株菌中blaCTX-M-27和qepA均与rmtB共转移,在另外2株菌中,qepA与rmtB共转移。S1-PFGE和Southern杂交杂交结果显示,10株rmtB菌株的接合子均只携带一个质粒,大小分别为100 kb（n=2）和130 kb（n=8）。rmtB阳性质粒均为IncFⅡ型,RST分型为F2:A1:B1,质粒均携带pemKI,hok-sok,vagCD和ccdAB沉溺系统。质粒的EcoRI限制性酶切图谱显示共分为4种RFLP谱型,呈现高度的相似性,并且rmtB、qepA和blaCTX-M-27基因分别几乎均杂在10 kb,4.3 kb和6.5 kb的DNA条带上。对4种代表性的rmtB质粒进行全序列测序分析。pGDD3、pGDD5、pGDD16和pGDD21质粒大小分别为127734 bp、100935 bp、129455 bp和130794 bp,含有110-140个开放阅读框。四种质粒均为典型的IncFⅡ型质粒骨架结构,与携带rmtB和qepA的F2:A-:B-质粒pHN3A11高度相似,主要差异在blaTEM和ycgA基因之间。这四个rmtB阳性质粒均含有一个多重耐药区,质粒pGDD5上的多重耐药区为12 kb,包括IS26-ΔintI1-Δdfr-qepA-ISCR3-rmtB-ΔTn3(blaTEM-1)。质粒pGDD3、pGDD16和pGDD21上的多重耐药区几乎相同,大小为14.5 kb,包含qepA、rmtB和blaCTXM-27等耐药基因以及完整或截断的插入序列或转座子。这也是首次在沙门氏菌中获得携带rmtB、qepA和blaCTX-M-27的IncFⅡ型质粒全序列。综上所述,食品动物源沙门氏菌多重耐药严重,印第安纳沙门氏菌尤为严重。ESBLs、PMQR和16S rRNA甲基化酶基因均在沙门氏菌呈现不同程度的流行性。进一步发现印第安纳沙门氏菌同时对阿米卡星、头孢噻肟和环丙沙星耐药,这主要是由于克隆传播以及F2:A1-B1流行质粒的水平传播介导rmtB、qepA和/或blaCTX-M-27耐药基因散播导致的。携带rmtB、qepA和/或blaCTX-M-27的流行质粒在多重耐药印第安纳沙门氏菌中散播令人担忧,因而需进一步监测沙门氏菌,尤其是印第安纳沙门氏菌中多重耐药情况,从而更好了解其对人类健康的潜在危害。