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流行性乙型脑炎(Japanese Encephalitis,JE)是由嗜神经的乙型脑炎病毒(Japanese Encephalitis Virus,JEV)引起的人畜共患的中枢神经系统性传染病。猪被认为是流行性乙脑病毒在自然界中最主要的贮存、增殖宿主。在猪群中,乙型脑炎虽不具有高致死率,但它感染后能引起母猪繁殖障碍、公猪发生急性睾丸炎、还会导致仔猪死亡,从而给养猪业造成巨大损失。同时,猪群中的乙脑病毒经蚊媒传播可导致人群及动物感染,危害公共卫生安全。JEV属于黄病毒科黄病毒属,是单股正链RNA病毒,基因组全长约11Kb,含有一个开放阅读框,编码一个多聚前体蛋白,成熟切割后可形成3个结构蛋白(核衣壳蛋白C、膜蛋白M、囊膜蛋白E)及7个非结构蛋白。其中,E蛋白是JEV的主要结构蛋白之一,在保护性免疫及防制病毒感染中起着重要作用。本实验从河南省部分规模化猪场采集母猪流产死胎脑脊液作为样本,通过细胞培养分离乙型脑炎病毒毒株。RT—PCR扩增E蛋白基因,经基因克隆后测序,将测序结果与减毒疫苗株SA14—14—2E蛋白基因进行相似性比对,结果表明扩增基因与参考毒株的E基因序列均具有95.5%以上的相似性,同源性较高,最终确定三株分离株BY—1、ZY—2、ZMD—3确为乙型脑炎病毒,分别命名为CSF.BY—1、CSF.ZY—2、CSF.ZMD—3。JEV为RNA病毒,由于其基因组在复制过程中缺少校正机制而容易发生变异。JEV重要的结构蛋白囊膜糖蛋白E,参与病毒的很多重要功能,这一区域具有很好的保守性和充分的变异机会。因此本实验针对分离株E蛋白的核苷酸和氨基酸序列进行进化分析,以深入了解其遗传特性和变异情况。本实验从GenBank中选择乙脑流行的多个国家和地区的包括各个基因型的18株病毒的E基因序列,另选1株墨累河谷脑炎病毒株(MVEV)作为外群,以NJ(Neighbor Joining)法,分别以核苷酸序列和氨基酸序列为基础使用MEGA 3.1构建进化树,对分离株E基因进行进化分析。使用DNAstar软件包的MegAlin及在线比对工具MultAlin对三株分离毒的E蛋白核苷酸序列和氨基酸序列与参考毒株序列进行比对,以得到分离株与参考株之间的序列相似度及核苷酸和氨基酸突变情况。结果表明分离株CSF.BY—1.CSF.ZY—2.CSF.ZMD—3均为基因Ⅲ型乙脑病毒,与参考株JEV有着较高的同源性,核苷酸序列相似性在92.1%-95.9%之间,氨基酸序列相似性在72.1%-77.3%之间,共有19个位点的核苷酸发生碱基突变,引起了14个位点的氨基酸突变。分离株发生突变的位点均不是JEV毒力的关键位点,对分离株的JEV生物学特性无重要影响。