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南美白对虾是我国重要的经济品种虾之一,优良性状丢失、种质退化,病虫灾害多、亲虾依赖进口等问题限制了南美白对虾养殖产业的发展。为了选育出耐低盐的,适应上海独特气候条件的品系,本课题组已开展了多年的良种选育工作,目前已完成了F3代育苗工作。有关岛自选家系、厄瓜多尔恒兴对虾养殖公司进口家系、野生家系等众多具有不同遗传特性的家系作为亲本,产生了大量自交家系和杂交家系。因此为了更好的继续良种选育工作,需对亲本、子代及野生品系遗传背景进行深入研究,生长、抗病等差异性状也需进行评估,所以要对所有品系做基因筛选。本研究选用了13对微卫星标记引物方法对南美白对虾9个养殖群体作遗传多样性分析,检测到13个位点的等位基因数(Na)均为2-6个、一共有37个等位基因,747个等位基因位点,多态信息含量指标(PIC)值从0.1292-0.6799)。9个养殖群体的观测杂合度(Obs.Het)在0.2225-0.3662之间,平均观测杂合度为0.2915。有2个群体的Hardy-Weinberg平衡遗传平衡指数(D)接近与0,说明这2个群体基因型的分布近乎平衡状态。遗传距离,范围0.0215～0.2426,Pesquera P29和Pesquera P15的遗传距离最大,为0.2426。San Alfonso P23(S23)和Pesquera P23的遗传距离最小,为0.0215。.各群体平均分化指数Fst值为0.1259,说明12.59%的遗传分化来自于群体间,87.41%的遗传分化来自于群体内部。实时荧光定量被广泛应用于基因时空表达差异分析、群体间表达差异分析,探针法病毒检测等领域。本实验选取了5个免疫相关基因和2个生长相关基因进行基因筛查,同时也对4个群体进行了生长比较。通过RT-q PCR对4个群体作TLR1、TLR2、TLR3、ALF和crustin基因的表达差分析异,结果表明来自大洋山基地的F3代选育家系的TLR1、TLR2、TLR3和ALF的表达量均为最高,Crustin的表达量也相对较高,说明该群体可能具有较强的抗逆性。4个群体进的生长比较结果表明F3代育苗家系群体(J)的相对增重率最大,且Typsin和ATP synthase基因的相对表达量也最高。F3代育苗家系群体(J)的相对增重率,和Pesquera P15种群(P)和San Alfonsopis P12种群(S)的相对增重率没有差异,但是和这两个群体的Typsin、TP synthase基因的表达有差异。实验结为果富集抗病、生长等优良性状,选用多态性高、分化程度高的群体的遗传育种提供理论支持。