由于基因的表达调控是多层次的,大多数基因的最终产物--蛋白质才是执行功能的单元体。家蚕进入功能基因组研究时代后,蛋白质组学也逐渐成为人们研究的热点。探讨家蚕杂交育成品种及其亲本蛋白水平的差异,从蛋白水平分析育成品种的基因结构,能够为阐明杂交育种提供分子机理。采用蛋白质组研究技术,分析杂交亲本及其育成品种的丝腺、血淋巴和中肠的蛋白质表达谱:发现3种组织器官中育成品种金秋与两个亲本的匹配蛋白斑点比例只达到70%左右,剩余30%左右是各个品种的特异蛋白斑点;在匹配蛋白斑点中,还有9%-24%的蛋白表现上调和下调。这些特异蛋白可能是两个亲本的基因在杂交育成品种中产生了互作而形成的新蛋白,也可能是对相同的蛋白进行了不同的修饰而获得的修饰蛋白。结果暗示了新品种的育成,除了需要汇集亲本的优良基因外,还有赖于基因互作而产生的新功能蛋白的作用。为研究家蚕茧层量性状的分子调控机理,采用蛋白质双向电泳和图像分析技术,分析了遗传背景基本相同、而结茧性状和茧层量具有明显差异的正常茧、薄皮茧、裸蛹3个家蚕品种的丝腺细胞和血液组织的蛋白质与茧层量的关系。研究表明裸蛹品种的丝腺细胞蛋白斑点与结正常茧品种的蛋白斑点的匹配率仅有65%左右,存在35%左右的特异蛋白斑点,暗示裸蛹性状可能是由主效基因控制的微效多基因遗传;3个品种后部丝腺细胞特异蛋白斑点、匹配蛋白斑点按等电点划分,分布规律具有明显差异,而血液组织相应的分布规律非常相似,推测丝腺细胞中的蛋白对家蚕茧层量性状的作用要大于血液组织中的蛋白;正常茧、薄皮茧和裸蛹3个品种之间的特异蛋白斑点及上调和下调蛋白斑点中,可能存在着与家蚕高茧层量性状、结薄皮茧性状以及不结茧性状有关的蛋白质。