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第一部分不同发育阶段斑马鱼单胚胎蛋白质组分析斑马鱼已经成为一种广泛使用的强有力的模式系统,用以研究分析脊椎动物胚胎发生和器官发育。已完成的斑马鱼基因组测序和注释使得高通量蛋白质组分析得以进行。我们的实验主要对不同发育阶段的斑马鱼单胚胎进行了蛋白质组分析。首先对受精后3天的胚胎进行了有效的去除卵黄蛋白处理。随后采用三种胰蛋白酶酶解方法,即缓冲液辅助法,SDC辅助法和过甲酸氧化辅助法对受精后发育至3天和5天的单个斑马鱼胚胎的蛋白质组进行溶解和分析。通过胰酶酶解和液相色谱串联质谱(LC-ESI MS/MS),从受精后3天的胚胎样品中SDC辅助法总共鉴定到366个蛋白质,过甲酸氧化法共鉴定到162个蛋白质,普通缓冲液辅助法共鉴定到363个蛋白质。在鉴定到的全部493个蛋白质中,有108个(21.9%)是三种方法共同鉴定到的,86个(17.4%)为缓冲液辅助酶解所单独鉴定,92个(18.7%)是SDC辅助酶解法单独鉴定到的。我们发现结合来自缓冲液辅助和SDC辅助两种酶解方法的结果,可以获得更大的蛋白质组数据集。通过使用这些辅助酶解方法,我们分别从经去卵黄处理的受精后3天的斑马鱼单胚胎中鉴定到蛋白质449种,从未经去卵黄处理的受精后3天的斑马鱼单胚胎中鉴定到蛋白质260种,从未经去卵黄处理的受精后5天的斑马鱼单胚胎中总共鉴定到蛋白质212种。所有鉴定的蛋白质中约有43%在这两个胚胎发育阶段均有检测。对鉴定的结果进行功能分类,并且讨论了这些蛋白质在斑马鱼胚胎发育不同阶段的表达变化及相关功能。第二部分vsx1基因沉默对金鱼早期胚胎发育的影响vsx1基因是与金鱼眼睛空间模式形成相关的调控基因和分析二倍体依赖型机制的侯选目标基因,为了进一步了解vsx1在金鱼胚胎发育中和二倍体依赖型基因表达调控机制中的作用,我们采用显微注射的方法,先用Morpholino antisense Oligos沉默vsx1的表达,再用比较蛋白质组学方法来研究vsx1沉默引起的蛋白质组的变化,从而探究vsx1在金鱼胚胎发育过程中的功能及其调控方式。该研究比较了注射反义寡核苷酸(ATG-MO)和注射标准对照(SCON-MO)的胚胎,观察注射后胚胎的发育情况,发现在原肠早期,注射了ATG-MO的胚胎大多无法继续发育,表明ATG-MO的作用导致vsx1表达受阻,致使胚胎在原肠期发育停滞。原肠作用是从尚未分化进入到分化为三个胚层和决定各个器官原基的关键时期,因此我们推测vsx1可能是一个多功能基因,它可能是早期金鱼胚胎发育过程中参与胚层特化和分化的基因之一。采用双向凝胶电泳和软件分析得到了注射ATG-MO和注射SCON-MO胚胎全蛋白质组的100多个差异蛋白质点,经质谱鉴定了84个蛋白质,其中21个蛋白质仅在注射ATG-MO的胚胎中有表达,47个蛋白质在注射ATG-MO的胚胎中表达上调;6个蛋白质只在注射SCON-MO的胚胎中表达,10个蛋白质在注射SCON-MO的胚胎中表达上调。通过对这些鉴定的差异蛋白质点的功能分析,发现一些与转录调控,细胞周期调节和组织分化相关的蛋白质,如Prohibitin-2,Zincfinger transcription factor detour,BMP typeⅡa receptor等都在注射ATG-MO的胚胎中表达上调或仅在注射ATG-MO的胚胎中有表达,与先前文献报道的vsx1是一个转录抑制因子相符,表明vsx1有可能是通过这些重要蛋白质来间接调控各功能基因的表达的。同时还发现了一些与信号传导、细胞分化、神经发育相关的蛋白质,这些蛋白质都可能直接或间接地受到vsx1的调控。