2009年1月,国务院出台《关于推进重庆市统筹城乡改革和发展的若干意见》(国发〔2009〕3号),明确要求重庆建设统筹城乡科技改革与创新综合试验区,建成“长江上游的科技创新中心和科研成果产业化基地”。这是中央为重庆贯彻落实“314”战略部署,对科技创新工作提出的新定位和新要求。如何通过科技“先行先试”地改革与创新,以更好的服务和促进城乡经济统筹发展,是当前面临的急需解决的理论和现实问题。通过对重庆市科技创新的需求分析和比较研究,发现重庆市统筹城乡科技创新体系存在以下问题:统筹城乡的科技投融资体系尚未建立,农村科技投入不足;科技管理体制模式陈旧,缺乏“大科技”的管理体制;科技资源流动机制缺乏,科技要素配置不合理;缺乏科技中试环节,成果产业化水平低;产学研结合模式亟待创新,缺乏产学研合作动力机制;科技创新评价体系偏颇,缺乏有效的科技创新激励机制等。通过对基于统筹城乡视角科技创新水平的综合评价和科技创新与区域经济平衡增长的实证研究,认为:重庆市统筹城乡科技创新水平在逐年提高,但是部分指标属性值却不是在逐年增加;科技创新在重庆市1999-2008年的经济增长中起到了仅次于投资的主要作用;在科技促进统筹城乡经济发展方面,重庆需要加大科技工作的力度。在明晰问题和实证检验的基础上,对重庆市统筹城乡科技改革与创新进行了机制设计与政策措施保障研究。主要包括:统筹科技资源,着力打造长江上游科技创新中心和科研成果产业化基地,提高主城区的科技辐射能力;以科技带产业,支持重点产业的技术创新和发展现代服务业,加快产业结构调整和发展方式转变;提升民生科技,构建统筹城乡科技服务体系,推进科技资源向农村转移;创新体制与机制,促进科技金融相结合,为统筹城乡科技改革与创新提供制度保障。