受人类活动的干扰,导致物种灭绝速率加剧,生物多样性保护迫在眉睫。识别保护优先区能以最小的成本实现最大程度地保护,是生物多样性保护工作的关键。广西的生物多样性显著,是我国乃至世界生物多样性的重要组成部分。因此,研究广西的生物多样性和保护优先区具有重要意义。本研究以广西111个县级行政区为基本单位,通过出版物、标本数据等方法收集数据,分析广西维管植物、广西濒危维管植物、广西特有维管植物的科属组成,并结合广西维管植物系统发生树,分析物种丰富度、濒危物种丰富度、特有物种丰富度和系统发生多样性格局,再通过主成分分析将上述4个多样性指标综合为保护指数,利用保护指数识别保护优先区,最后将筛选保护优先区与现有的自然保护区进行比较,评价现有自然保护区的保护效率。研究主要结论如下:（1）广西维管植物丰富包括269科1 865属8 609种,其中排名前10科有兰科、豆科、苦苣苔科、禾本科、茜草科、菊科、樟科、唇形科、荨麻科、蔷薇科;排名前10属有楼梯草属、报春苣苔属、秋海棠属、冬青属、杜鹃花属、蜘蛛抱蛋属、薹草属、悬钩子属、榕属、山茶属。广西濒危物种涉及173科619属1 814种,其中科水平濒危物种数最多的是兰科,其次是苦苣苔科;属水平最多的是报春苣苔属。特有物种包括984种（108科321属）,其中科水平物种数最多的是苦苣苔科、属水平物种数最多的是报春苣苔属。（2）广西维管植物物种丰富与系统发生多样性相关性高,都集中分布于桂东北山地（九万大山、猫儿山等南岭山脉）、桂西北山原山地（岑王老山、金钟山、凤凰山）、桂西的喀斯特山地、桂西南山地（大青山、十万大山）和桂中山地（大明山和大瑶山）。与物种丰富度和系统发生多样性格局不同的是,濒危物种丰富度和特有物种丰富度都聚集分布在桂西的喀斯特山地和桂西南山地（大青山、十万大山）。（3）由保护指数筛选出15个县级保护优先区,分别是龙州县、那坡县、靖西市、融水苗族自治县、龙胜各族自治县、上思县、金秀瑶族自治县、兴安县、环江毛南族自治县、临桂区、武鸣区、凌云县、防城区、资源县和全州县,这15个县级行政区主要分布在桂东北山地（九万大山、越城岭）、桂西的喀斯特山地和桂西南山地（大青山、十万大山）和桂中山地（大明山、大瑶山）。（4）15个县级保护优先区与现有自然保护区之间具有较高的空间对应性,共包括30个现有自然保护区。但是,与筛选的保护优先区相比,现有自然保护区存在面积偏小、保护级别低、存在保护空缺、保护效率偏低等现象。基于此,本研究建议将现有自然保护区聚集的桂东北和桂西南的保护区合并,建立桂东北南岭国家公园和桂西南喀斯特国家公园。总之,本研究认为将系统发生多样性纳入保护指标,利用可量化、客观的保护指数识别保护优先区为生物多样性保护优先区研究提供了新思路。