青金桔种质资源评价及其重要农艺性状的全基因组关联分析

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青金桔(Citrus microcarpa)是海南省重要经济作物之一,目前青金桔的研究主要集中在相关产品的加工方面,关于其种质资源的综合评价和表型性状的相关基因挖掘研究鲜有报道。本研究收集了151份青金桔种质资源,开展了两方面研究工作:(1)对青金桔种质资源的37个表型性状进行调查和评价,(2)利用全基因组关联分析对与其表型性状相关的基因位点进行探究。本研究的开展为青金桔育种材料的筛选以及优异基因的挖掘提供重要的参考和基础,具体研究结果如下:151份青金桔种质资源的表型性状分析发现:(1)在性状多样性方面,质量性状多样性指数在0.46-1.39之间,其中果实形状和果肉颜色多样性指数较高(H′>1.20);数量性状多样性指数介于0.67-2.10,除果汁率(1.08)、花瓣数(0.67)性状多样性较低外,其余性状均有较高的多样性指数。(2)相关性分析结果表明,149对性状呈极显著相关,其中正相关84对,负相关65对。性状间呈显著相关的共有48对,其中正相关20对,负相关28对。(3)通过聚类分析获得4类不同特征的群体,分别为具有囊瓣数较少、油胞数较多;树体冠幅较大、产量较高、种子数较少;树脚茎和果形指数较小、可溶性固形物和可滴定酸含量较高;叶柄较短、果实较大、果汁率较高等特征。(4)采用主成分分析进行综合评价,筛选出了33份综合得分较高的青金桔材料。本研究从151份样本中选出多样性差异高的100份样本,通过简化基因组测序和筛选获得8,511,230个SNP位点,并依据SNP位点和青金桔农艺性状进行了关联分析。首先Structure分析和PCA分析结果发现100份青金桔材料来源于两个不同的群体,其次24个表型性状的关联分析结果鉴定到与性状显著相关的289个SNP位点,共涉及到了232个基因,其中关联SNP位点最多的是柱头长度性状(SNP:61个,基因:59个),其中与两个表型性状检测到共同的SNP有:冠幅和产量(1个SNP)、果实横径和果实纵径(4个SNP)、叶片宽和可滴定酸(3个SNP)、花瓣长和柱头长度(5个SNP)。本研究首次对青金桔种质资源进行综合评价及基因组变异和表型进行关联分析,丰富了青金桔种质资源的研究内容,为青金桔的选育种工作提供了数据支持和理论参考。
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