在高等教育蓬勃发展的今天,不少高校却面临着教育资金明显不足,财务风险增大的困难和问题,与此同时,这些高校的财务普遍缺乏有效的监督制约机制,存在着严重的资金使用效益低下现象。通过绩效审计,可以监督和指导高等学校深化教学改革,充分挖掘和利用现有的教育资源,提高高等学校的办学效益,促进高校资金使用效益的提高,并可帮助政府和教育投资者对教育正确投资。因此,对高校绩效审计进行研究具有一定的理论价值和实践指导意义。本文从高校绩效审计的价值入手,分析了高校绩效审计的特性,并对财务评价分析法、数据包络分析法在高校绩效审计中的应用问题进行了阐述。本文通过研究认为高校绩效审计不能得到财务审计的有力支持、审计环境欠佳、绩效审计标准难以把握、审计人员的数量和质量有待提升是目前高校开展绩效审计面临的现实问题。文章最后力图运用某高校财务审计成果和建立高校绩效审计标准体系运用DEA方法进行绩效审计的实证研究来解决高校绩效审计中的问题。