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柑橘（Citrus）是多年生木本果树,具有复杂的遗传背景,经过长期杂交和芽变选种,其进化关系更为复杂。为了能有效区分和鉴定柑橘种质资源,前人通过DNA分子标记等方法区分和鉴定柑橘种质资源。柑橘RAPD分析筛选出的一个特异随机引物OPA08能区分柑橘三属八大类的种质资源。为了揭示该引物所具有的特殊性,本研究深入分析了随机引物OPA08与柑橘遗传信息之间的关系。本研究采集了涵盖柑橘三属的22个材料用OPA08引物进行RAPD扩增,对扩增结果进行了PCR-Southern杂交分析,并从电泳特征带中回收了23条特异片段进行测序分析。通过序列比对和聚类分析,印证了各种质之间的进化关系,支持前人对于柑橘进化关系的分析,并发现这些序列与反转录转座子具有较高同源性,说明反转录转座子对柑橘的进化具有重要作用。主要结果如下:1.建立了稳定的RAPD扩增体系:2μl 10×buffer;2.0 mmol/L Mg2+;0.2 mmol/LdNTPs 0.5μmol/L OPA08引物;100 ng模板DNA和0.5 U Taq酶。通过此体系扩增得到清晰的电泳特征带。2.对RAPD扩增电泳产物的PCR-Southern杂交结果显示,以纽荷尔OPA08-280bp特征带标记的探针仅与酸橙、桠柑、葡萄柚的相同位置带有强杂交信号。而宜昌橙OPA08-280bp特征带标记的探针则与宽皮柑橘OPA08-200bp、柚子OPA08-280bp、柠檬OPA08-400bp和OPA08-500bp特征带有较强的杂交信号,而且在大片段处杂交带较多。这些结果表明,纽荷尔OPA08-280bp特征带代表的是较新产生的橙类特异遗传信息,而宜昌橙OPA08-280bp特征带则携带有属于柑橘类植物共有的一些遗传信息,说明宜昌橙应该是较为原始的基本种之一。3.聚类分析和序列比对结果表明,柚子、枳壳、柠檬的OPA08-310bp特征带及宽皮柑橘类OPA08-200bp特征带有较高的同源性,含有一部分相同的遗传信息。甜橙、酸橙、桠柑的OPA08-280bp特征带相似度较高,且与金柑OPA08-500bp特征带有部分同源。宜昌橙OPA08-280bp特征带与柠檬、粗柠檬OPA08-500bp特征带的相似度较高。4.测序序列的生物信息学分析结果显示,OPA08引物在不同柑橘植物中扩增得到的片段均与反转录转座子有较高同源性,说明反转录转座子对柑橘变异和进化具有重要作用。反转录转座子的传递可以为人们研究和分析柑橘类植物的遗传进化关6系提供有效的证据。