自党的十八届三中全会首次提出“对水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂等自然生态空间统一登记确权”以来,自然资源统一确权登记改革迈入了法治化的快车道。作为自然资源资产产权改革的基础性制度,自然资源统一确权登记制度具有权属确认和生态保护的双重价值目标。这种双重构造使得自然资源统一确权登记制度与传统的物权登记制度无法完全兼容,二者在登记目标、登记客体、登记内容方面均存在差异,造成了自然资源统一确权登记制度的物权困境与理论难题。理论上的问题也反映在了实践中,虽然我国自然资源统一确权登记试点工作取得了积极进展,但通过对试点地区登记经验进行分析总结,发现自然资源统一确权登记制度在实施中仍存在法律困局和制度缺陷,其中的历史遗留问题和新型登记问题亟待解决。随着大数据时代的到来,数据密集型科学成为新型研究范式,大数据在认知、思维和研究方式等方面带来的变革渗透至法学研究领域在内的各研究领域,为自然资源统一确权登记制度带来了新的机遇和挑战。大数据时代的自然资源数据呈现出不同于小数据时代的特点,自然资源统一确权登记制度也呈现出新的发展面向。一方面,大数据时代的新型研究范式使自然资源登记立法思维发生变革。另一方面,大数据时代自然资源数据的变革促使自然资源登记实施方式做出相应的调试和回应。在此基础上,本文分析了大数据背景下自然资源统一确权登记试点地区经验,总结了自然资源登记在登记信息获取阶段和登记信息管理阶段的实践问题,并提出相应的完善建议,即进一步完善自然资源登记内容、完善与不动产登记的衔接、建立自然资源登记大数据平台,促进大数据背景下自然资源统一确权登记制度的法治化和完善化。