企业经营权与所有权的分离使得人们研究“企业内部控制”专注于不同的范围和性质,却忽略了内部控制系统整体内在的联系和一致性。正是缘于此,内部控制一直在被研究,而企业内部控制却一直得不到真正的改善。究其原因,正是忽视了企业治理与公司管理的联系以及它们在内部控制中的关系。根据系统的整体性原理和控制层次差异,内部控制可以分成与所有权相联系的公司治理和与经营权相联系的公司管理,其中公司治理正是内部控制的基础,却一直被忽略其与公司管理的联系,结果导致内部控制空有纸上规定却无法真正起到作用。从我国上市公司现实来看,公司治理层面国有股一股独大,但却无法约束其代理人行为,造成上市公司效率低下,同时外部治理市场(经理人市场与控制权市场)基本空白以及监管机构各行其是等造成了上市公司内部控制无法改善,正所谓皮之不存、毛将焉附;另一方面公司管理层面控制不全面,企业领导凌驾于管理制度之上,信息与沟通渠道不畅,企业下达命令多于全面沟通,加之内部审计无法独立,会计权责不对等导致内部监管失效。因此,要达到良好的内部控制效果必须从系统角度重新审视企业内部控制系统,从基础着手,先完善公司治理,再改进公司管理。本文从内部控制的概念入手,阐述了内部控制中公司治理与公司管理的关系,并从这两个层面分析了我国上市公司内部控制的现状。通过对我国A股上市的60家百货零售公司分析,首先梳理出两个层次的评价指标体系,包括公司治理层次的董事会规模、董事持股比例、独立董事激励方案、董事会开会次数、董事长与CEO是否同一人、第一大股东是否国有股、第一大股东与其他股东持股总和的比例这七个指标与公司管理层次的可持续增长率这个指标,建立了基于两个层次八个指标的内部控制评价体系。其次通过熵值法赋予权重,以灰色定权聚类进行了归类分析。然后从系统视角提出如何构建适于公司本身的内部控制系统,从大系统的影响因素到小系统的影响因素,再以系统动力学原理构建了存货管理的微系统,通过对微系统分析得出“杠杆点”,即关键控制点,以期帮助企业重构其内部控制系统。论文最后针对公司内部控制系统的问题,提出了改进公司内部控制系统的相应建议,即完善公司治理方面的国有股减持与董事会增持股并行、建立良好的外部竞争市场、完善外部监管与改进公司管理方面的重新审视公司内部控制系统、人性管理、供应链优化和信息系统完善等。