本文主要从以下几个部分展开论述：　　第一部分 卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒LANA蛋白与宿主KAP1分子相互作用在病毒潜伏态建立过程中的功能研究　　卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒(KSHV)在其生活周期中表现出两种不同的时相，包括默认进入和维持的潜伏态和真正产生病毒粒子的裂解态。在KSHV初始感染的早期阶段，病毒的裂解期基因存在一段短时间的表达。参与调节这些裂解期基因表达关闭过程的因素还知之甚少。已有研究表明KSHV编码的潜伏态相关核抗原(LANA)在病毒潜伏态建立的过程中起重要作用。　　在筛选与LANA相互作用的蛋白过程中，我们发现Krüppel-associated boxdomain associated protein-1(KAP1)可以和LANA结合。在本研究中，我们证实了LANA可以和KAP1在体内（in vivo）和体外(in vitro)结合，并且可以在核内共定位。更进一步的研究发现LANA可以同时和KAP1的N端和C端结构域结合。基于测定的相互作用结构域，我们证明了LANA可以招募KAP1到病毒基因组的RTA启动子区域。KAP1参与了LANA的转录抑制过程。通过ChIP-seq技术我们发现了LANA和KAP1在KSHV基因组上有多个共同结合位点，更重要的是，我们证明了LANA招募的KAP1在KSHV初始感染早期阶段裂解期基因表达的关闭过程中发挥了重要作用。综上所述，我们的结果表明LANA可以与KAP1相互作用抑制病毒裂解期基因的表达，促进KSHV潜伏态的快速建立。　　第二部分 基于ChIP-seq数据分析的LANA转录调控研究　　在前面的研究中，通过ChIP-seq技术已经描绘了基因组范围内精细的LANA结合位点，但很少的位点可以和通过RNA-seq技术鉴定出的LANA影响的基因重合。目前仍然缺乏坚实的证据表明LANA可以直接结合在宿主染色体DNA上调节基因的表达。　　SUMO蛋白是重要的翻译后修饰源。在E1，E2和E3的SUMO连接酶的作用下，SUMO蛋白可以被加到底物上。去SUMO化是上述过程的逆过程，由SUMO蛋白酶家族发挥功能。在哺乳动物细胞中至少有7个SENP(sentrin-specificprotease)家族成员，但细胞是如何控制这些SUMO蛋白酶发挥功能的，仍然是未知的。由于SUMO化是细胞蛋白重要的修饰，所以像病毒这样的病原微生物也可能对宿主的SUMO化系统进行调节，但在KSHV感染细胞中的去SUMO化事件仍然知之甚少。KSHV是否可以调节去SUMO化系统仍不清楚。　　在本研究中，我们描述了KSHV阳性的BC3细胞中LANA的结合位点。通过对ChIP-seq数据的分层和聚类分析，我们发现LANA可能参与了大分子代谢过程。特别的，我们发现LANA可以直接和SENP6启动子在体内(in vitro)和（in vivo）体外结合。通过报告基因实验，我们发现LANA可以抑制SENP6启动子的转录活性，并且这种抑制是呈剂量依赖性的。