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大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）是中国特有的稀有物种，是世界上最濒危的物种之一。为了更好地保护这个珍贵的物种，对大熊猫野生种群遗传多样性的调查和评估已成为一项紧迫的任务。微卫星是基因组中的短串联重复序列，广泛的存在于基因组内，含有丰富的多态性，能够忠实反映个体特征，个体间的亲缘关系。近年来微卫星已成为强有力的技术手段，被作为理想的遗传标记广泛应用于珍稀濒危动物的保护生物学和群体遗传学研究。本研究用圈养大熊猫血液DNA为模板，通过PCR，从前人分离到的42个大熊猫微卫星标记中筛选出29个能较好地扩增出目的片段的引物。再用野生熊猫粪便对筛选出的29个引物做PCR，得到13对扩增稳定、峰形清晰、特异性好且多态性较好的引物，用于粪便DNA的鉴定和分析。从王朗和宝兴野生大熊猫粪便样本中提取出172份DNA，用以上引物通过PCR筛选，对变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结果进行比较，根据DNA片段长度变异范围和峰形特征确认等位基因，得到63份质量较好可在目的区域扩增出较清晰条带的粪便DNA，可用于进一步的分析和研究。除王朗种群的GP03和AME15位点提供的信息含量分别是0.247和0.152外，其他11个基因位点的PIC值均靠近0.5或在0.5以上，平均PIC值为0.612。宝兴种群的GP01位点提供的信息含量是0.465，其余12个基因位点的PIC值在0.5以上，平均PIC值为0.747。根据Botstein等提出的衡量基因变异程度高低的多态信息含量指标，当PIC＞0.5时，该座位为高度多态座位。结果表明，有11个位点具有高度多态性，适合用于大熊猫粪便DNA的鉴定与分型。以野生大熊猫粪便为材料，对分布于王朗和宝兴的大熊猫遗传多样性进行了评估，对63份粪便样品DNA进行微卫星基因分型分析，总共分离到130个等位基因，其中有35个为王朗所特有，53个为宝兴所特有，42个为两种群共享。王朗和宝兴种群的平均等位基因数分别为6.2和7.6；平均表观基因杂合度分别为0.488和0.553；等位基因丰富度分别为3.30和4.05。在王朗和宝兴种群间显示了一定程度的遗传分化(FST值为0.26)；研究发现两种群间缺乏基因交流。