伴随“创新型国家”这个战略方案的实施，建设具有特色和优势的区域创新体系，是我国地方经济发展战略的侧重点和核心点。高新区作为区域经济增长的引擎，也是创新和高技术产业发展的主要阵地。加快提升国家高新区集群协同创新能力，已渐渐成为国家高新区需要迫切实现的。因此，正确认识和评价高新区协同创新能力的现状，找出制约高新区协同创新能力快速发展的因素是十分重要的。本文采用因子分析对国家高新区协同创新能力进行了深入评价。首先，对国内外对高新区集群创新能力的研究现状进行了回顾与分析，发现目前的研究主要是采用宏观投入产出思路对集群整体创新能力评价，缺乏从系统演进的复杂适应性这个角度进行综合评价，这为本文的研究提供了新的思路。其次，在文献分析的基础之上从要素、结构、关系角度构建高新区协同创新体系，并利用系统动力学软件Vensim对该系统进行因果关系图的绘制，进一步分析系统内部运行机制。第三，按照系统功能概念，本文分三个模块建立评价指标体系：从要素、结构建立集群创新主体指标体系；从环境方面建立核心支持协同创新指标体系；从产出层面建立绩效指标体系。并对建立的指标体系采用结构方程模型进行验证性分析，提高所建立指标体系的准确性及应用价值。第四，结合统计数据和调研数据，采用主因子分析方法对国家级56个高新区进行集群协同创新能力评价排序，从整体上看，目前我国多数高新区集群协同创新能力都比较低。并用聚类分析法进行归类，发现东南沿海地区的高新区协同创新能力普遍较高，中部地区其次，西部地区最后。第五，从内生功能和外显能力二维层面采用关联分析法解析制约高新区集群协同创新能力的制约因素，为科学制定改进措施提供依据。第六，针对国家高新区集群协同创新能力的制约因素，从制定提升能力措施的思路出发，提出了针对性建议。最后，在对武汉东湖国家高新区进行深度调研基础上，进行深度实证分析，发现其协同创新能力现实制约因素与通过能力评价和关联分析得出的结论比较吻合，论证了本文所建立的评价方法体系的科学性。