基于TMT定量蛋白组学分析技术对桃抗寒相关基因的挖掘

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桃(Prunus persica(L.)Batsch)原产于中国,为蔷薇科(Rosaceae)桃属果树。桃树在我国分布广泛。河北省是桃种植大省,也是桃栽培的北限。近年来河北省桃树冻害发生频率越来越高,严重限制了河北省桃产业的发展,因此,发掘桃抗寒相关候选基因对今后培育抗寒桃品种具有重要意义。本研究以抗寒桃品种‘珲春’、‘早霞露’、‘瑞光27’以及不抗寒桃品种‘21世纪’、‘Mafim’、‘中华寿桃’为试材,通过TMT定量蛋白组学分析技术对六个桃品种中抗寒相关基因进行了初步筛选,采用RT-PCR以及RT-q PCR技术对筛选到的差异基因进行了克隆与差异表达分析。获得的研究成果如下:1、在‘珲春’和‘中华寿桃’、‘早霞露’和‘Mafim’、‘瑞光27’和‘21世纪’三组蛋白样品共得到特异性肽段为53295个,共选出蛋白6970个。抗寒桃和不抗寒桃中共筛选到差异蛋白106个(差异倍数1.5以上,P≤0.05),其中上调表达差异蛋白63个,下调表达差异蛋白43个。这些差异蛋白主要定位于叶绿体(19.30%)、细胞质(15.79%)、液泡(10.53%)、细胞膜(8.77%)、细胞壁(7.02%)、细胞核(5.26%)、线粒体(5.26%)等。GO(Gene Ontology)分析表明,这些蛋白主要参与了18种生物学过程、20种分子功能以及3种细胞组分。通过差异表达分析进一步鉴定到了4个与桃抗寒相关的基因,分别为Pp ATP9、Pp ATP4、Pp3GT和Pp FAD6。2、克隆分析发现,Pp3GT基因序列全长1434bp,Pp FAD6基因序列全长1326bp。生物信息学分析发现Pp3GT蛋白和Pp FAD6蛋白为不稳定蛋白,聚类分析发现Pp3GT蛋白与苹果(Malus domestica)和扁桃(Prunus dulcis)3GT蛋白聚为一类,Pp FAD6蛋白与梅(Prunus mume)、月季(Rosa chinensis)FAD6蛋白聚为一类。RT-q PCR结果显示,低温处理后,Pp3GT基因和Pp FAD6基因在‘珲春’桃中相对表达量先升高后降低,Pp3GT基因在‘中华寿桃’中的表达呈降低趋势,Pp FAD6基因在‘中华寿桃’中的表达呈先降低后升高趋势。3、克隆分析发现,Pp ATP9基因全长为243bp,Pp ATP4基因全长为597bp。生物信息学分析发现,Pp ATP9与Pp ATP4蛋白均为不稳定蛋白。聚类分析发现,Pp ATP9蛋白与苹果(Malus domestica)Md ATP9蛋白聚为一类,Pp ATP4与扁桃(Prunus dulcis)和红叶李(Prunus cerasifera)ATP4蛋白聚为一类。RT-q PCR结果显示,在自然越冬过程中,Pp ATP9基因在‘珲春’、‘中华寿桃’、‘21世纪’花芽中的表达量与温度变化趋势相近;在韧皮部中,Pp ATP9基因在‘21世纪’与‘中华寿桃’呈先升高后降低趋势,在‘珲春’中则呈现降低趋势。Pp ATP4基因在‘珲春’、‘中华寿桃’和‘21世纪’花芽中的相对表达量无明显规律,在‘21世纪’桃和‘中华寿桃’韧皮部中的相对表达量呈降低趋势,在‘珲春’中呈先升高后降低的趋势。
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