2005年之前我国资本市场一个很大特点就是股权分置,由于该制度的设立,割裂了流通股股东与非流通股股东的利益,公司的很多行为更多地是从控股股东(非流通股股东)利益出发,资本市场对公司治理绩效的评价在一定程度上也受到了扭曲,同时由于股权的集中,形成了中小股东委托控股股东代理行使企业经营管理权的股东间代理关系;而2005年5月以后,我国资本市场进行了股权分置改革,改革后所有股东利益趋于一致,由此将会对股东间的代理关系和公司治理绩效产生新的影响。基于此,本文以率先完成股改的中小企业板上市公司为样本,进行实证研究。文章以中小企业板上市公司04-06年的相关数据为研究对象,采用线性回归的方法对其股权结构与公司治理绩效间的关系进行分析,实证研究结果显示,中小企业板上市公司最大股东持股比例与公司治理绩效间没有显著的线性关系;机构投资者持股比例则与公司治理绩效具有显著的正相关关系,说明发展机构投资者、增加机构投资者持股比例对提高公司治理绩效有积极意义;同时独立董事比例对公司治理绩效具有一定的显著正影响;董事会规模则与公司治理绩效有一定的负相关关系。通过对三年数据的趋势分析进一步可知,股权分置改革增强了股权结构与公司绩效间的相关关系,对进一步完善公司治理具有积极意义;从委托代理理论角度看,提高股权制衡度,形成相对集中的股权结构可以改善股东间的代理关系,降低代理成本。