在我国的科技机构系统中，高等学校的科学研究和科技活动一直占有重要地位。对高校而言，承担科学技术研究不仅为国家科技发展和经济建设做出了直接贡献，也为提高高等学校人才培养能力与水平、加强高等学校师资队伍建设、增加研究生培养能力等奠定了坚实的基础。近年来，国家、部、省、厅、市等政府机构对高校科研经费投入不断大幅增长，高校也普遍认为提高科研经费使用效率是是当前迫切需要解决的重点问题，但相应的改革成效并不显著。　　本文基于科研项目经费管理的相关理论，经过深入调查和访谈后，发现A大学纵向科研项目经费管理存在科研项目支出不实，决算虚假；结题不结账，科研项目账有增无减；科研经费缺乏统筹安排，资源独享现象普遍；科研项目管理与经费管理严重不链接；科研项目经费私有化等问题，这源于科研项目经费管理模式不合理、对科研项目经费预算重视不够、对科研项目经费管理过于宽松、科研项目相关制度不完善等原因。　　为了完善A大学的科研经费管理，提高学校科研经费的使用效益，保证学校科研工作的顺利进行，本人在对大量国内外相关文献资料进行梳理后，在与科研项目经费管理者和从事科研工作的专家访谈的基础上，借鉴发达国家对高校科研项目经费管理的成功经验，结合A大学的实际情况，经过系统分析、归纳总结，提出应完善科研项目经费管理体系，提高预算编制的可操作性；建立健全项目经费管理责任制，以信息技术为手段进行科学管理；建立起科研项目经费使用全程监督体系；加强对科研经费结题审计和绩效评价等促进A大学纵向科研项目经费管理水平提升的对策。