全外显子测序分析先天性上睑下垂疾病样本

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:realno158
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背景 上睑下垂是神经科和整形外科常见的临床症状,一般来说,在没有额肌参与下,两眼自然向前方注视在平视前方时,角膜上方被上眼睑盖住的范围1.5mm-2mm。各种先天或后天的因素造成上睑缘低于2mm,便可以称为上睑下垂。如上睑覆盖角膜上方超过2mm,使受累眼的眼裂较正常小,便可以诊断为上睑下垂。先天性上睑下垂则大多是由于上睑提肌发育不全或支配它的运动神经即动眼神经发育异常、功能不强而导致的一种先天缺陷。至今相关突变位点已被发现上百个。近些年,越来越多与先天性上睑下垂症状相关的其他基因在一些医学综合征中得到研究。目前尚缺乏有关单纯性上睑下垂基因研究方面的报道。近年来,有学者报道,先天性上睑下垂,尤其是双侧重度先天性上睑下垂可能与先天性心脏病合并,这无疑增加了患者围术期手术风险,给患者带来潜在的危险,亦增加了医疗负担。进一步检测出可能与先天性上睑下垂密切相关的基因是十分必要的。目的 运用全外显子测序筛选和先天性上睑下垂可能相关的有害性突变位点。方法 在2016.11-2018.12期间抽取30例血样样本(包含有及无上睑下垂症状的个体;且所选取上睑下垂的个体均为临床证实的先天性上睑下垂患者;患者24人及正常个体6人)。步骤:1、对抽取的血液样本进行DNA的检测,若样本含量在0.6ug以上,则该样本DNA被用来建库2、使用液相芯片捕获系统Agilent,针对样本中的DNA全外显子区域进行尽可能高效的富集。3、库检。4、若库检结果合格,则根据得到的文库的有效浓度和需要的数据产出,采用Illumina测序平台进行测序。5、在得到原始的测序序列(Sequenced Reads)之后,根据既有的参考序列或者既有的参考基因组(GRCh37/hg19),进行信息分析步骤。6、数据质量方面的控制。7、针对测出的变异检测结果进行程序化筛检和分析。结果 在实验中,经过筛选前的总突变位点数为229579,经过过滤1000G文库后剩余的突变位点数为7242.使用上一步的结果,获得的保留的外显子区和剪接位点数为1533,其中经过过滤了同义突变位点后剩余的突变位点数为1051,之后通过SIFT,Polyphen,MutationTaster和CADD评估获得可能会影响蛋白质功能的突变位点420个。结论 先天性上睑下垂患者广泛存在基因突变的情况,通过全外显子测序可以发现并观测到先天性上睑下垂基因突变情况。进一步丰富了先天性上睑下垂患者基因突变的基因库。
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