明代南京百姓既可以直接向南京法司投告,也可以“自下而上”投告。南京的诉讼流程与各布政司相同,百姓都要经历“写状—投告—审批—立案—传唤被告—审理—发落”的流程。南京词讼受理衙门众多,其中高层衙门审案程序较为规范严密,而基层衙门在审理自理词讼时有较大的自主权,工作方式较为灵活,可以使用里老、甲长等非官方人员参与案件审理,以此避免皂隶科索小民。明代南京参与案件审理的衙门众多,但是扮演了不同角色。首先是受理词讼的衙门,洪武到永乐年间,南京词讼受理衙门只有刑部和应天府。永乐以后,逐渐增加了南京守备衙门、巡视御史等。到景泰年间,词讼受理衙门进—步增多,但是它们司法权力有限。这一时期,虽然有南京守备官员违背律例,侵夺法司职掌,但是南京司法体系仍然正常运转。其次是查证衙门,南京五城兵马司、应天府、上元和江宁两县作为南京的基层机构参与案件审理,但更多承担了取供具招、验尸、查证等辅助性工作,其作用不容忽视。最后是详谳衙门,南京刑科、巡按御史和南京刑部等机构负责对案件进行审核,它们主要复核徒流案件,死罪案件还要申法司部议,上奏皇帝处决。总之,明代中前期,虽然南京词讼受理衙门不断增多,但各衙门遵守职掌,互相配合,使南京司法体系正常运转。明代后期,南京各衙门为了纸赎、赃罚等经济利益,侵夺法司职掌,自行理断词讼,不再将词讼参送法司问理,而是批行给五城兵马司、上元、江宁两县等查证衙门,导致词讼在这些衙门堆积,监狱淹禁,以致发生多起越狱事件。面对这种情况,嘉靖后期两京刑部尚书多次要求申明职掌,然而由于皇帝支持较小,再加上没有具体的措施,而沦为一纸空文。