近年来，禽流感在我国和世界各地频繁爆发，严重威胁人类的健康，造成了极大的经济损失。为了研究禽流感病毒的进化机制和变异规律，我们收集了152株近年来在我国各地传播的禽流感病毒，并通过RT-PCR测序的方法，完成了基因组测序工作。　　 通过进化分析发现，H5N1亚型禽流感病毒可以分成新旧两个大组，2003年为两组的交界点。分析表明，进化分组主要是由病毒的采样时间决定的，而与宿主及采样地域没有明显的对应关系。进一步分析发现，禽流感病毒PB2、PB1、PA和NS四个基因的进化速度快于整个基因组进化的速度， HA、NP、NA和M四个基因片段的进化速度慢于整个基因组进化的速度。对H9N2病毒的进化分析则表明在我国大陆流行的H9N2亚型禽流感病毒相对保守。　　 根据H5N1禽流感病毒分组的统计，利用两组病毒蛋白序列的一致性序列比对，总结出了H5N1病毒各个基因片段在新旧两组间的蛋白序列差异位点。筛选出来的蛋白位点，为下一步深入研究新旧组演变机制提供了靶位点。对禽流感病毒蛋白序列研究发现，HA蛋白具有连续碱性氨基酸残基的切割位点，另外新组病毒HA蛋白339位有48％的病毒突变为G，这一氨基酸残基的替换可能会使病毒的毒力变强。旧组的病毒NA和NS1蛋白具有缺失，而新组则没有，由此可见这两个缺失是新旧分组的一个重要标志，可能在一定程度上推动了新组的产生和逐渐替代旧组的过程。　　 通过分析我们认为华南及东南亚是新组禽流感病毒的起源地，并随着鸟类的迁徙传播到我国各地。禽流感病毒在留鸟、留鸟、禽类、家畜、野生动物和人类之间已经形成了复杂的网络传播结构。