2012年刑事诉讼法的修改第一次在法律层面上作出了专家辅助人参与刑事诉讼的规定,但粗线条的立法也造成了理论界的分歧和实务界的困惑,对制度的运行产生了很大影响。尽管如此,在近两年的司法实践中,各地仍然出现了一些专家辅助人出庭的案例,这些积极的探索为制度的发展和完善积累了宝贵的经验,同时也暴露出制度实际运行中的诸多问题。因此,本文主要采取实证的方法,以刑事诉讼专家辅助人制度的实践为研究对象,旨在调查、了解和分析制度的实际运行情况,并进而发现其中存在的问题,提出相应的解决思路,以期能为完善制度抛砖引玉。全文共分为三部分,约四万三千字:第一部分对专家辅助人制度的实际运行进行了考察和分析。此部分包括以下几方面内容:总体上,专家辅助人的适用率非常低;适用案件和异议鉴定意见均呈现高度类型化;地区差异不明显。主体资格方面,是否有专门知识的评判标准不统一,造成了认识和做法上的分歧,实践中出庭的专家辅助人多具有教授、主任医师或相应高级资质,具备鉴定人资格者较少;从司法裁判的需要出发,专门知识的范围不应仅限于鉴定事项,但实务工作者多认为专门知识的范围应与鉴定事项范围一致;专家辅助人的权利义务也未被明确规定,无法保障其行使职能的基本权利,降低了专家出庭的积极性。出庭程序方面,法律将专家辅助人出庭的申请权和出庭决定权分别赋予控辩双方和法庭,具有合理性;实践中的申请具有三个显著特点:辩方积极性明显更高、控辩双方申请目的不同、法官在幕后发挥潜在作用;能否出庭由法庭决定,实践中法官会重点考虑异议的理由和鉴定意见的重要性这两个因素;庭审中理想的状态是鉴定人和专家辅助人同台竞技,但鉴定人出庭并非专家出庭的前提;庭前准备工作对出庭的效果意义重大,对此法官尤为重视事先了解该专门问题并就异议安排庭前沟通,但提交书面意见的作用应同样重要;中立性不是专家辅助人必需的属性,因而其不适用回避制度;庭审中专家辅助人的座次以与申请方同侧为宜,但缺乏统一规定,实践中的做法也多有不同;庭审询问可分为对专家辅助人的询问和专家辅助人的主动发问,应赋予其与鉴定人对质的权利。意见及效力方面,从属性上看,专家辅助人意见是一种专业意见,不具有证据资格,应被视为指控或辩护意见的组成部分,形式上既包括庭上意见也包括书面意见;从效力上看,一方面,实践中当难以判断意见真伪时,出于各自不同的角色定位,检察官群体倾向于“采信正规鉴定机构鉴定人的意见”,而法官群体倾向于“按证明责任分配原则处理”,另一方面,判决不会直接回应专家意见,但其影响往往是潜在的。第二部分对专家辅助人制度的实践进行了总体评价,反思并指出其中的问题。总体看来,专家辅助人出庭的案例非常少,但各地的实践仍积累了宝贵的经验。同时制度运行中也反映出很多问题:相关法律规定过于简单,未能为专家辅助人制度的运行搭建良好的框架;部分实务工作者对专家辅助人认识不正确,有一定的抵触心理;已有的出庭容易出现形式化的问题,质证的效果也值得商榷;专家辅助人服务正在形成一个市场,相关行业和服务的监管却处于空白状态。原因是多方面的:一是相关规定过于笼统,程序的操作性有待提高;二是案件太多,运用专家辅助人不可避免地会影响诉讼效率;三是相当部分实务工作者对新制度不熟悉,需要时间慢慢适应;四是已有的实践并没有取得很好的实际效果;五是鉴定意见相对较为可靠,专家辅助人发挥作用的空间有限;六是相关制度执行不到位影响了专家辅助人制度的落实。第三部分为完善专家辅助人制度提出了意见。一方面,应采取措施完善专家辅助人制度本身:明确规定专家辅助人享有的权利和履行的义务,以及其意见的法律性质,藉此明确其诉讼地位;明文对书面意见的使用规则作出规定,确定意见不一致时以庭上意见为准;可以适当考虑扩大专家辅助人的适用范围,包括扩大专家辅助人的职能范围和丰富专家辅助人参与刑事诉讼的时间节点;通过实施细则的方式来完善专家辅助人出庭的程序,并明确审查其意见应注意的事项;强调证明责任分配原则在异议鉴定意见审查中的作用,避免出现证明责任无形之中被转移到辩方的情形。另一方面,应采取措施健全专家辅助人制度的配套机制:弥补对新兴专家辅助人行业的监管空白,积极正确引导市场健康发展;全面培养法官、检察官对鉴定意见的形式审查能力,与专家辅助人制度共同构成对专门问题立体化的审查体系;继续推进刑事司法体制改革,完善相关制度,同时也正确认识制度适用率低的现状,一方面,应采取多种措施,从人身保护、物质保障、证据运用规则等问题着手,有重点地解决证人、鉴定人出庭难的问题,明确庭审在刑事诉讼中的核心地位,为更多的专家辅助人出庭创造良好的外部环境。另一方面,摆正心态,对于专家辅助人出庭率低、实践案例少的现况应予理解,并以正确的态度看待。