结实率是影响水稻产量的一个重要因素。但目前已克隆的影响水稻结实率的基因较少。定位和克隆更多影响结实率的基因，对研究调控水稻结实率的遗传基础和分子机制有重要的意义。我们在普通野生稻O.rufipogon W1943和籼稻广陆矮4号O.sativa indica Guangluai4(GLA4)替换系群体中鉴定到一个结实率极低的单片段替换系CSSL63，此替换系基因型背景为GLA4，第9号染色体尾端约5-Mb片段被W1943替换，遗传分析证实CSSL63中结实率由单核基因控制。我们通过图位克隆的方法将此基因定位在第9号染色体10.8-kb范围内，此范围内预测仅有一个候选基因，将其命名为PSSR9(Panicle Seed Setting Rate9)。同时获得了一个近等基因系NIL-S9，含有100Kb左右的W1943片段。PSSR9是一个转录因子，在雄蕊原基、心皮原基及后续发育中的柱头、胚珠中具有较高的表达。GLA4和W1943(CSSL63)中PSSR9在启动子区、5UTR及基因编码区均有差异。对PSSR9的表达量进行分析发现，CSSL63不同发育时期的穗中，PSSR9的表达量都很低，几乎不到GLA4中表达量的千分之一。PSSR9表达量的变化差异极有可能是导致CSSL63与GLA4之间结实率差异的原因。用GLA4的PSSR9基因互补NIL-S9所获得的转基因T0代植株的结实率大多数明显高于NIL-S9，验证了PSSR9的基因功能。CSSL63的结实率受环境影响，其结实率与温度呈显著负相关。PSSR9的表达量也随温度的升高，明显下降。由此我们推测温度可能通过调控PSSR9的表达量来调节CSSL63的结实率。我们进一步分析PSSR9对花器官的影响，结果显示CSSL63的雄蕊和花粉在本文的实验条件下均发育正常，而雌蕊发育在高温条件下出现畸形。即使在适宜温度条件下，雌蕊外观及胚囊发育似乎正常，但很多颖花无法完成受精，造成了结实率降低。酵母双杂交实验证实，PSSR9蛋白与参与雌蕊及心皮发育的蛋白有较强的互作，与参与雄蕊发育的蛋白互作较弱。对栽培稻和野生稻中PSSR9的基因变异的分析发现，栽培稻中PSSR9仅有籼稻和粳稻两种单倍型，在野生稻中则具有更多的单倍型。对多个野生稻穗部组织PSSR9的表达量检测发现，所检测样品的PSSR9表达量都比GLA4中低。Tajimas D检验结果显示，栽培稻群体中PSSR9多样性下降，偏离中性选择，可能受到驯化选择。由此我们推断PSSR9可能是一个驯化基因。