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目的：(1)建立多伞阿魏GC-MS指纹图谱；(2)建立DNA分子指纹图谱,为科学评价、有效控制药材质量及同属相似种的快速、准确的鉴定提供可靠方法。方法：(1)采用水蒸气蒸馏法提取了8个产地44份多伞阿魏挥发油,通过GC-MS法分析其成分；(2)利用三种不同的DNA提取方法提取多伞阿魏的总DNA；(3)采用单因素试验和正交试验设计,对影响多伞阿魏ISSR-PCR、RAPD-PCR反应的5个因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶和模板DNA浓度)进行优化,PCR结果用SPSS统计软件进行分析；(4)采用单因素梯度及正交试验设计优化相结合的方法确定多伞阿魏ISSR-PCR、RAPD-PCR反应体系,并对多伞阿魏进行遗传多样性分析和聚类分析；(5)通过对不同引物扩增结果的比较,最终分别选取了ISSR、RAPD各15个引物进行多伞阿魏指纹图谱的构建。结果：(1)建立了多伞阿魏挥发油GC-MS指纹图谱分析方法；对44份多伞阿魏挥发油样品进行了分析,确立了12个共有峰,44份多伞阿魏药材的挥发油可通过系统聚类归为两类；(2)试剂盒法提取的多伞阿魏总DNA纯度最高,质量最好,能够将所有样品扩增出丰富而清晰的条带。所需时间短,操作简单；(3)ISSR-PCR最佳反应体系为：大部分因素的不同水平对PCR反应有显著影响,其中Mg2+、dNTPs.引物影响最大。多伞阿魏ISSR-PCR最佳反应体系为：在50μL的反应体系中含有10×Taq Buffer5μ、Mg2+2.0mmol/L、dNTPs0.4mmol/L、引物0.4umol/L、Taq DNA聚合酶1.75U、模板DNA12.5ng;RAPD-PCR最佳反应体系为：大部分因素的不同水平对PCR反应有显著影响,其中Taq DNA聚合酶、Mg2+影响最大。多伞阿魏RAPD-PCR最佳反应体系为：在50μL的反应体系中含有10×TaqBuffer5μL, Mg2+2.5mmol/Ls dNTPs0.6mmol/L、引物0.6μmol/L、Taq DNA聚合酶1.5U、模板DNA12.5ng;(4)ISSR遗传多样性：从100个ISSR引物中筛选出15条扩增条带清晰、重复性好和多态性高的引物,共扩增出126条清晰的条带,其中93条具有多态性,平均多态性位点比率(PPB)为73.8%；从100个RAPD引物中筛选出15条扩增条带清晰、重复性好和多态性高的引物,共扩增出226条清晰的条带,其中203条具有多态性,平均多态性位点比率(PPB)为89.8%；(5)标定了ISSR、RAPD共有的特征DNA条带。结论：(1)建立的GC-MS指纹图谱分析方法该方法简便、准确、重现性好,可用于多伞阿魏药材的质量综合评价；(2)试剂盒法为提取多伞阿魏总DNA的最佳方法,能够直接用于下游分子生物学实验；(3)建立的多伞阿魏ISSR、PCR、RAPD-PCR反应体系,经过22份多伞阿魏样品检验,证明该体系具有较高的稳定性和可重现性；(4)多伞阿魏在物种水平上具有较高的遗传多样性,遗传变异主要存在于居群间；(5)构建的该DNA指纹图谱能进行多伞阿魏及同属相似种的快速、准确的鉴定,对于保证多伞阿魏药材基源的准确分类具有重要意义；(6)不同产地挥发油成分变化与遗传变异之间有一定的相关性。