目的：应用基因芯片研究初发鼻咽癌(PrimarynasopharyngealcarcinomapNPC)、复发鼻咽癌(RecurrencenasopharyngealcarcinomarNPC)相关基因的表达和功能，探讨基因芯片技术在筛选初发、复发鼻咽癌相关基因中的应用价值。　　 方法：(1)标本来源及实验分组以8例初发鼻咽癌、5例复发鼻咽癌、3例正常鼻咽黏膜组织为研究对象，实验分两组，一组为3例初发鼻咽癌和5例复发鼻咽癌，另一组为3例正常鼻咽黏膜和5例初发鼻咽癌；标本活检后1份送病理检查，1份马上放液氮中冻存备用，三种组织标本均经过病理组织学检查证实。(2)总RNA的提取和质量判定：两组分别提取标本的总RNA，用分光光度计测量RNA浓度和纯度，判定所提取的为高质量的总RNA，然后-80℃保存备用。(3)探针标记利用反转录聚合酶链反应PCR，经两轮逆转录成cDNA后，纯化cDNA和段化单链DNA片，加入试剂到片断化的DNA中，混匀，取2μl样品检测标记效率。(4)杂交、洗涤在1.5ml离心管中准备杂交液，混匀，离心，杂交后在AffymetrixFluidicsStation450洗涤站中洗涤，每例标本重复三次。(5)扫描与分析芯片经严格洗片后用GenearrayScanner3000扫描，读取每张芯片每一位点的表达值，扣除背景信号，经GCOS软件处理后自动分析每一基因位点的表达参数并给出参考值，输出数据，设定筛选条件为：以组间2倍以上差异表达为条件且P＜0.001，分别对pNPC与正常鼻咽粘膜和rNPC与pNPC两组差异表达基因进行筛选。(6)逆转录聚合酶链式反应验证(ReverseTranscriptionPolymeraseChainReactionRT-PCR)随机选择4个感兴趣的基因(S100A9、KRT6B、LSAMP、TNFAIP3)，内参采用甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehydephosphatedehydrogenaseGAPDH)，进行RT-PCR验证基因芯片结果的准确性。　　 结果：两组实验检测结果均存在大量差异表达基因，与pNPC相关差异基因394个，其中上调2倍以上161个，下调2倍以上233个；差异基因功能涉及蛋白结合和钙离子结合(102/394，25％)、酶活性(72/394，18％)、免疫(38/394，10％)、通道和跨膜转运(22/394，6％)、肿瘤坏死因子(15/394，4％)、趋化因子(13/394，3％)、细胞周期(12/394，3％)等；与rNPC相关差异基因104个，其中上调2倍以上89个，下调2倍以上15个；差异基因功能涉及蛋白结合和钙离子结合(45/104，42％)、酶活性相关(19/104，18％)、细胞外基质(9/104，9％)、通道和跨膜转运(7/104，7％)，免疫(5/104，5％)、受体活性(4/104，4％)、细胞骨架(3/104，3％)等；筛选出可能与pNPC、rNPC癌变相关基因；随机选择的4个基因RT-PCR结果与基因芯片检测结果基本一致。　　 结论：(1)pNPC、rNPC的发生和发展是多个基因的结构和功能异常改变的结果，本试验发现与pNPC相关差异基因功能涉及蛋白结合和钙离子结合、酶活性、免疫、通道和跨膜转运、肿瘤坏死因子、趋化因子等；与rNPC相关差异基因功能涉及蛋白结合和钙离子结合、酶活性相关、细胞外基质、通道和跨膜转运，免疫、受体活性、细胞骨架等。(2)基因芯片技术为研究筛选pNPC、rNPC癌变过程可能相关基因提供一种可靠方法，有助于从分子水平阐明其发病、复发机制，进一步发现新的分子诊断指标和基因治疗靶标。