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穗花狐尾藻（Myriophyllum spicatum L.）、金鱼藻（Ceratophyllum demersum L.）、黑藻(Hydrilla verticillata(L.f.)Royle)、荇菜(Nymphoides peltatum(Gmel.)O.Kuntze)等水生高等植物是湿地生态系统植物群落的重要组成成分，由于人类的严重干扰，这些水生植物将面临新的环境条件。本研究采用ISSR分子标记技术对穗花狐尾藻和金鱼藻遗传的多样性及变异进行研究，并模拟洪水和机械扰动探究水生植物对扰动的适应和恢复能力，研究结果如下: 1.对采自云南洱海、贵州草海、江苏太湖、湖北洪湖和梁子湖这5个湖泊居群（包括34个亚居群）的177份穗花狐尾藻样品用12条ISSR引物进行遗传分析，发现其扩增多态性带型达到了100％;5个居群的遗传多样性有差异，其中洱海居群的最高，太湖居群的最低;AMOVA分析显示，在总变异中，湖泊居群间的遗传变异占28.14％，亚居群间的变异占17.42％，亚居群内的变异占54.45％，表明大部分变异存在于居群和亚居群内部;湖泊内部亚居群间的遗传分化为洱海最大，草海最小;同一个湖泊内的亚居群遗传距离与地理距离呈正相关，而不同湖泊居群间的遗传距离与地理距离无明显相关关系，这表明地理隔离可能不是遗传分化的主要原因，而可能由于各居群对当地环境因子的长期适应，使穗花狐尾藻居群间发生了一定程度的地理分化。 2.对采自上述5个湖泊及山东微山湖的这6个湖泊居群（包括33个亚居群）的174份金鱼藻样品用筛选出的9条ISSR引物进行PCR扩增，多态性带型均为100％;6个湖泊居群中，太湖居群的遗传多样性最高，梁子湖的最低;AMOVA分析显示，在总变异中，湖泊居群间的遗传变异占32.50％，亚居群间的变异占21.44％，亚居群内的变异占46.06％，表明大部分变异存在于湖泊居群内部;湖泊内部亚居群间的遗传分化为洱海最高，草海最低;同一个湖泊内的亚居群遗传距离与地理距离呈正相关，而不同湖泊居群间的遗传距离与地理距离无明显相关关系。 3.沉水植物黑藻、穗花狐尾藻、金鱼藻在模拟的洪水处理中的生物量及生长率均高于对照组。在这3个物种混合种植的情况下，黑藻具有明显的竞争优势，能够适应实验条件下的洪水;而穗花狐尾藻和金鱼藻却呈现负增长;穗花狐尾藻通过增加植物体内总氮含量来应对洪水，而金鱼藻则主要通过形态的变化来适应水位的波动。 4.用三种不同程度的机械干扰处理混合种植的荇菜和穗花狐尾藻。与无干扰的对照处理相比，这三种干扰处理都给穗花狐尾藻的生长带来负面影响，而荇菜可以通过增加根的生物量分配耐受轻度干扰，通过增加叶的生物量分配耐受中度和重度干扰。