近年来,我国行政事业单位内部控制理论和实务发展迅速,内部控制逐渐成为单位风险防控的重要途径。税务机关作为行政单位,积极推进内部控制建设,不断规范税务工作,有效防控系统风险,取得了一定的成效。在内部控制的持续推进过程中,各省税务机关对基层税务机关的内部控制建设进行指导,基层单位则据此开展落实工作。自2018年以来,国税部门和地税部门完成合并,税收征管形势不断发展变化,税务机关的内部控制随着各项改革不断面临着挑战,当前各地基层税务机关在推进内部控制建设时逐渐暴露出一些问题。例如基层税务机关由于对内部控制理解不够,存在直接根据税务总局下发的文件进行部署或者照搬其他单位做法等问题,忽略了自身业务的特殊性和复杂程度;没有及时、全面地梳理本单位各项业务流程,查找风险事项和薄弱环节;没有提出针对性的内控措施,使得当前的内部控制建设较为薄弱。目前,要让税务系统内部控制建设更上一层楼,内部控制建设作用最大化,进一步实现新时代税收现代化,则需要不断加强基层税务机关内部控制建设。但由于国税和地税部门刚刚完成合并,现阶段仍然缺少一定的案例研究,缺少供基层税务机关参考的样本。因此,本文将以Y县税务局作为案例,对其内部控制建设进行研究,具有一定的时效性和针对性,是十分必要和有意义的。云南省Y县税务局作为典型的基层税务机关,通过充分调研合并后其单位整体情况和内部控制建设现状,分别基于Y县税务局作为一般行政事业单位和履行税收征管职能部门两个角度对其内部控制建设进行剖析。一个角度是税务部门作为一般性的行政事业单位,应当从单位层面、经济业务活动层面和评价与监督进行内控建设;另一角度是税务部门作为特殊的执法部门,应当从履行税收征管这个特殊职能的角度进行内控建设,在考虑一般性事项的基础上考虑税务特殊层面的事项;并对单位各类经济业务事项进行全部的风险评估,全面梳理可能存在的风险点,基于评估结果,试图为完善Y县税务局内部控制建设提出相关建议,同时为其他基层税务机关开展内部控制工作提供借鉴。