明廷征服滇东北地区之后,把其划入四川布政司,于元代基础上继续推行土司制度,且制定了更为严密的土司管理制度,重新规定了土司的基本权利和义务。由此,滇东北土司在明廷的统治下得到进一步发展,滇东北地区土司的势力也逐渐坐大,同明廷之间的矛盾逐渐激化。主要表现为从嘉靖朝开始,明廷在这一地区的统治逐渐走向崩溃。明廷在滇东北地区施行土司制度的根源是由秦汉以来对这一区域的羁縻政策发展而来,最根本的原因是由明初滇东北地区的实际情况所决定的。明代滇东北地区民族是罗罗,由于经过了几百年的“独立”发展,罗罗在滇东北地区势力更为强大,基础更为牢固,政治、经济、文化等都同中原王朝迥异,因此明廷不得不在其地实行土司制度,以图稳定当地局势。明廷在滇东北地区所施行的土司制度无非是一种“暂缓之策”,最终目的还是要控制、削弱、消灭土司势力,进而进行直接统治,因此二者之间关系主要表现为冲突和对抗,这从嘉靖朝开始表现得最为明显。影响较大的主要有:嘉靖元年芒部陇氏土司的叛乱、嘉靖三十九年东川“阿堂之乱”、万历年间“安尧臣问题”的川、黔之争等。明廷在滇东北地区施行土司制度的同时,也加大了对其经营、开发的力度,主要体现在发展儒学、建设交通、设立卫所等。明廷的这些举措,客观上给滇东北地区的经济、文化都带来了不少变化,但是总的来看明廷的这些举措是失败的。因为明代滇东北地区的儒学教育主要是争对土司的上层,目的是为了培养适合明廷、听命于明廷的统治人员,而下层民众是很难得到教育机会的,因此其影响是微乎其微的。又明代于贵州建省,导致云南同外地联系的主要通道不再经过滇东北,造成这一区域传统的交通、地理地位下降,使其几乎成为一座“孤岛”,因而滇东北地区交通的发展同其周边相比是相当落后的。卫所的设置也是如此,明廷于滇东北腹里设置的卫所很快被撤销,而在其周边地区卫所设置的地方多为重要关隘、交通枢纽地区,而卫所设置的地区又是明廷移民、屯田的重要区域,由此可知滇东北地区的移民、屯田同其周边相比数额较少,这样使得滇东北地区经济难以吸收到先进的发展因素。于是明廷对滇东北地区的管理力度也就相对较弱,也就为土司的生存提供了一个较为宽松的政治环境,这又是滇东北土司为什么一直困扰明廷重要原因。为了同明廷争夺自己的利益,滇东北地区各土司之间又通过联姻等方式结成了错综复杂的关系,给明廷的统治带来了极大挑战。特别是明代中后期随着政治的腐败,土司制度的弊端日益显露,地方官员利用对土司承袭的考核,或受贿,或蓄意挑衅。再加上其地处云、贵、川三省结合部,导致三省之间为了各自利益展开了对这一地区的争夺,导致事权不一,职责混乱,政府官员往往有事互相推托,无事互相排挤,滇东北土司也各自寻找其“靠山”同明廷抗衡,寻找各种借口或攻伐、或争袭、或仇杀,明廷的控制力也就随之下降。