荧光显微图像中微液滴自动检测方法研究

来源 :上海交通大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:mythdream1
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
基于微液滴的微流控技术在单细胞分析、数字PCR和高通量筛选等领域取得了巨大的进展。在这一技术的开发和应用中,微液滴含量的定性和定量分析发挥着越来越重要的作用。通过该技术,可以将对微小生物分子浓度等定量生物特性的检测转化到间接的对微液滴的定量分析之中。微液滴定量分析往往需要借助荧光显微成像技术的辅助及微液滴荧光图像的分析处理。但是,微液滴荧光显微图像的计数、检测、分析等操作,大都依赖于生物科研工作者对荧光图像的人工阅读,耗费时间长,工作量大,极大地增加了他们的负担。为了解决上述问题,荧光斑点自动化检测方法受到了广泛的关注和研究。但在微液滴荧光图像中,由于微液滴与背景亮度差异微弱,图像中噪声环境复杂及微液滴大量聚集粘连情况的出现,目前仍无有效的微液滴自动检测方法。因此,本文对这一问题进行了深入的研究,提出了有效的微液滴自动化检测方法。根据微液滴荧光显微图像背景中是否含有自由酶引发的背景光,微液滴荧光显微图像可以划分为有背景荧光微液滴图像和无背景荧光微液滴图像。对有背景荧光微液滴图像,我们首先应用高斯降噪滤波滤除了图像中近似高斯分布的噪声,然后采用限制对比度的自适应直方图均衡(CLAHE)算法对图像进行全局增强,提升空微液滴的对比度,接着使用能够有效分离前景目标和背景的Otsu阈值分割获取微液滴的二值分割图,最后利用能够检测圆形特征的改进Hough圆变换算法从图像中自动提取并统计出所有微液滴的数量和位置,实现了这一类型图像下的微液滴的自动检测。相比而言,无背景荧光微液滴图像可见度更低,其中不发光的空微液滴与背景的对比度更低,噪声干扰更大,亮度信息微弱,因而更难检测。通过对这类图像微液滴特性的分析,我们设计了一种更有效的无背景荧光下的微液滴自动检测算法:首先利用Anscombe方差稳定性变换,把图像中所含的泊松-高斯混合噪声类型转换为近似的高斯噪声类型,利用实验室最新研发的自适应聚类和渐进PCA近似相结合的降噪算法实现微液滴图像的细节保留图像降噪,再基于亮度图估计的低亮度图像增强方法对降噪后图像进行自适应局部对比度增强,接着采用类Radon特征提取和自适应阈值分割对微液滴的边缘特征进行目标二值化分类提取,最后利用改进的Hough圆变换算法检测出能够发亮光的荧光微液滴和不发光的空微液滴,从而能够在具有极暗背景的荧光显微图像中自动检测出全部的微液滴信息,确保了临床生物医学应用的可行性和准确性。使用本文提出的两种微液滴检测图像算法对两组各15幅荧光微滴图像进行了对比测试,有背景荧光下的检测算法获得的真阳性率(TPR)、误检率(FPR~*)、F-测度(F-measure)的平均值及标准差分别为0.9980?0.0022、0.0015?0.0019和0.9983?0.0013;无背景荧光下的检测算法获得的真阳性率(TPR)、误检率(FPR~*)、F-测度(F-measure)的平均值及标准差分别为0.9944?0.0071、0.0306?0.0346、0.9824?0.0171。对比实验结果表明本文提出的微液滴自动检测算法可以有效地检测出图像中的微液滴信息,并且能够完成准确的计数。与现有的荧光斑点检测算法相比,本文提出的方法对荧光图像中微液滴目标的检测更准确,鲁棒性更高,可以满足临床诊断和生物学实验需要。
其他文献
2016年12月,短融网将融360诉诸于法庭,由此揭开了网贷评级第一案的序幕。虽然短融网最终败诉了,但该案对未来网贷评级不正当竞争案件的处理将产生巨大的影响。审理短融网诉融
阵列传感器是受动物嗅觉系统启发开发的新型传感方法,它由一系列传感单元组成,是一种基于对分析物的交互响应所得特征指纹进行分析的方法。由于该方法相对传统检测方法表现出
紫外光刻、微纳加工、医药合成、高分辨率发射光谱、光子器件制造等领域的发展对紫外激光器提出了更高的要求,其中一种重要的需求就是激光波长更短,所以研制输出波长要在200n
香茶菜属植物是二萜类天然产物的重要来源,已成为有机化学的研究热点之一。Neolaxiflorin A具有全新的二萜骨架,包含一个手性环丙烷和6/6/5的环系。本论文以neolaxiflorin A
教师的工作时间是一名教师在学校一天所待时间的和,基本认为,分为教学工作时间和非教学工作时间两个大部分。在教师一天的工作时间中,他所参与的各类工作活动,其最终目的是为了学生更好的发展、成长,但仍有部分工作活动实际上与体育教学不相关。初中阶段,学生的身体和心理在快速成长和发展,尤其在如今信息爆炸的时代,学生通过各种途径接触到了大量的信息,这些信息中,有相当部分不利于学生的健康发展。这种背景下,体育教师
农村食品安全问题关系到全国的的食品安全问题,从根基深处治理我国的食品安全问题,就要从农村的食品安全监管抓起。本文拟结合新时代下农村地区的发展情况,以东源县为实证,从行政监管的视角,以行政监管人员的认识为切入点,利用行政成本理论、行政负效应理论和法的作用理论,采用文献研究法、实地调研法、问卷调查法和比较分析法研究东源县农村食品安全行政监管存在的问题和原因,并探究新型监管模式下,农村食品安全治理问题的
"26条措施"立足于为台湾企业和台湾同胞提供多领域"同等待遇"。今年以来,厦门市通过出台一系列具体实施细则和政策措施,努力拓展和落实台企"同等待遇"的深度和广度,积极助推
海洋立管和海底管道等细长柔性圆柱结构是海洋油气开采输运过程中的关键设备。在外界海流作用下,极易发生疲劳损伤,甚至破坏。由于管道疲劳断裂的强破坏性和现今研究模型均偏
壳聚糖、纤维素等多糖材料由于其来源的天然性、广泛性和可再生性而引人注目,被广泛应用于环境、能源、纺织以及生物医药等领域。这些多糖的分子结构中含有大量氨基、羟基等
在过去的数十年间,荧光探针在生物化学、材料科学、药物化学、医疗诊断和细胞生物学等范围内具有举足轻重的作用。分子荧光探针技术俨然成为一种关键的分析工具,已经普遍应用