大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）是我国重要的小型淡水养殖经济鱼类之一,具有较高的营养价值和经济价值。近年来,大鳞副泥鳅养殖业发展迅速,但是也面临着种质资源衰退、群体遗传多样性降低、雌雄生长差异较大等问题。为揭示不同群体间大鳞副泥鳅的遗传差异,同时找到其性别相关分子标记,为大鳞副泥鳅的性别控制育种提供支持,进行了以下研究:首先,对四个不同大鳞副泥鳅群体进行遗传多样性分析,为大鳞副泥鳅种质资源保护和合理开发利用提供了基础;另外,本研究利用简化基因组技术及微卫星标记开展了大鳞副泥鳅性别相关分子标记的筛选,为大鳞副泥鳅的性别控制育种提供了一定的理论基础。本研究获得的主要结果如下:1.四个大鳞副泥鳅群体的遗传多样性分析本研究利用线粒体COI基因部分序列对来自于大连、范县、武汉和台湾的四个大鳞副泥鳅群体进行了遗传多样性分析。结果显示:在642bp的COI基因序列中,碱基A、T、C、G的平均含量分别为23.5%、30.6%、26.7%、19.2%,表现出较强的AT偏好性;4个群体共检测到44个多态性位点,定义了23个单倍型;4个群体的单倍型多样性指数（h）在0.424⁰.855之间,核苷酸多样性指数（π）在0.00084⁰.01659之间,台湾群体遗传多样性较高,范县群体其次,武汉群体和大连群体较低;群体间遗传分化系数F_ST及遗传距离分析表明台湾群体与其他群体间均存在极显著的遗传分化（P<0.01）,且与其他群体间的遗传距离均较远;AMOVA分析结果表明群体间的遗传变异高于群体内的变异（52.11%>47.89%）;大连、范县和武汉群体中性检验Tajima’s D及Fu’s Fs均为负值,提示了大连、范县和武汉群体可能经历过群体爆发和扩张事件。研究表明大鳞副泥鳅不同地理群体形成了一定的遗传分化,研究结果为大鳞副泥鳅的遗传多样性保护及选育等工作提供一定依据。2.大鳞副泥鳅性别相关SNP分子标记的筛选采用RAD-seq技术对来自于范县的60尾大鳞副泥鳅（雌、雄各30尾）进行简化基因组测序。通过这种方法,开发全基因组范围内的SNP分子标记,并利用SNP标记进行群体遗传学研究。通过测序分析共获得了179.35Gb clean data数据,测序Q30为92.13%,GC含量为40.74%;通过生物信息学分析,共获得6,699,778个SNP位点;基于RAD-seq测序结果构建了大鳞副泥鳅群体进化树,并进行群体结构分析以及主成分分析。结果显示:60个大鳞副泥鳅样本被分为两个亚群,来自两个不同的祖先群体。对数据进行统计分析发现:在雄性群体中未发现某SNP位点出现的频率大于80%,且在雌性群体中出现的频率小于20%;在雌性群体中未发现某SNP位点出现的频率大于80%,且在雄性群体中出现的频率小于20%。结果显示:通过RAD-seq技术未能筛选到大鳞副泥鳅性别相关的SNP标记。3.大鳞副泥鳅性别相关微卫星标记的筛选研究利用71对只有2个多态位点的微卫星引物,采用SSR结合BSA技术筛选大鳞副泥鳅的性别特异分子标记。首先,构建大鳞副泥鳅雌、雄基因池（雌、雄各10个个体）,利用71对微卫星引物对雌、雄基因池进行扫描分析,统计结果显示:43对引物在雌雄基因池间扩增出差异条带;然后,利用所得引物分别对雌、雄个体（各5个）进行检验,结果发现,微卫星引物（P66,P180,P134,P14-102）在雌、雄样本中的的扩增有明显差异性;最后,利用雌、雄个体（各15个）对引物进行进一步扩大验证,结果并未发现在雌、雄个体中有明显差异的微卫星引物。因此通过这种方法并未找到与大鳞副泥鳅性别相关的微卫星标记。