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多重耐药基因cfr编码23S rRNA甲基化酶,能够介导酰胺醇类、林可胺类、噁唑烷酮类、截短侧耳素类、链阳菌素A等五类抗生素（Ph LOPSA）耐药,其中噁唑烷酮类药物利奈唑胺被称为人医临床治疗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）及耐万古霉素肠球菌（VRE）的最后一道防线。多重耐药基因cfr广泛存在于我国动物源革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌中。因此,本研究对猪场中cfr基因在葡萄球菌和大肠杆菌中流行情况进行调查,并对携带cfr基因的阳性菌株特征进行分析,以了解cfr基因在猪场的流行特点和传播机制,为养殖场合理使用抗生素提供科学依据和参考数据。本研究从6个猪场中分离到254株葡萄球菌和398株大肠杆菌,分别检测出40株葡萄球菌和2株大肠杆菌携带cfr基因。40株cfr阳性葡萄球菌包括38株松鼠葡萄球菌、1株模仿葡萄球菌和1株产色葡萄球菌。对38株松鼠葡萄球菌株PFGE分型,存在26个不同的克隆谱系,在其中一个猪场中,松鼠葡萄球菌可能存在克隆传播,其他猪场的松鼠葡萄球菌中均无克隆关系。随机选择8株cfr阳性松鼠葡萄球菌,其中6株菌中检测到IS21-558-cfr-ΔtnpB结构,另外2株菌中cfr基因的侧翼序列为两个拷贝的插入序列ISEnfa4或IS256。从实验室保存的777株产超广谱β-内酰胺酶大肠杆菌中检测到6株携带cfr基因。包括猪场来源的cfr阳性的大肠杆菌,共检测到的8株携带cfr基因的大肠杆菌均对氟苯尼考、氨苄西林、四环素和复方新诺明耐药,PFGE分型属于不同的克隆型,说明cfr基因在大肠杆菌中不存在克隆相关性。S1-PFGE-Southern确定cfr基因位于80-150kb质粒上。PCR-mapping发现cfr基因的侧翼序列均为方向相反或者相同的插入序列IS26。与已报道的大肠杆菌LYP-C-BCTb11质粒pEC-01相比,IS26与cfr之间的片段有高度同源性,说明IS26在cfr基因的水平传播中起了重要作用。通过接合/转化获得3株接合子和3株转化子,其中4株复制子分型成功,包括1株IncP,1株IncA/C,以及2株F43:A-:B-。高通量测序分析F43:A-:B-质粒pHNEP28,含有一个典型的IncFII型骨架结构（83,398 bp）,并且包含有质粒复制编码区、水平转移区、维持和稳定区及两个多重耐药区（MRR）,一个耐药区域含有耐药基因cfr、floR、qnrS1以及插入元件IS26,ΔISCR2和ISKpn19,另一耐药区域含有blaTEM-1、tet（M）,及IS26、ISApl1、ΔTn2和ΔIS1B。pHNFP671属于IncP型质粒,测序结果显示,该质粒包含有存在一个包含cfr基因的耐药区域,由两侧的IS26携带cfr基因插入质粒的稳定区,质粒转移区含有IV型分泌系统（T4SS）和典型的IncP型转移结构,稳定区含有higA和higB基因组成的毒素/抗毒素沉溺系统（TA）。在2014至2015年持续监测某一猪场中的cfr基因流行情况,检测到cfr阳性鼻腔拭子和粪便拭子样品分别为205（45.4%）和138（30.8%）。在育肥猪和保育猪样品的检出率分别为60%和45%,远高于哺乳仔猪（13.4%）和母猪（9.95%）样品。共分离到213株携带cfr基因菌株,包括166株为革兰氏阴性菌,44株革兰氏阳性菌和3株真菌,其中革兰氏阴性菌主要为大肠杆菌（52株）和奇异变形杆菌（84株）。随机挑选34株cfr阳性大肠杆菌进行PFGE分型,共分为24个XbaI型,cfr基因的大肠杆菌中克隆谱系不相同,但也存在克隆传播。随机挑选14株奇异变形杆菌,通过Xba I酶切,成功将8株cfr阳性奇异变形杆菌分为3个克隆型。综上所述,克隆传播、质粒和插入序列介导的水平传播共同介导cfr基因在葡萄球菌和大肠杆菌之间的传播。cfr基因与其它耐药基因同时存在质粒上,可能会被其它药物共选择。cfr基因在猪场中广泛存在于不同的菌种中,因此应持续监测其流行情况。