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京海黄鸡是以中国地方黄鸡资源为育种素材,经过十多年精细化常规育种与分子标记辅助育种相结合,培育而成的我国首个通过国家畜禽遗传资源委员会审定的肉鸡新品种。本研究以300日龄高产和低产蛋量京海黄鸡为研究对象,屠宰后立即取其卵巢组织,提取总RNA,构建cDNA文库后利用Illumina HiSeq2500平台进行转录组测序。对测序结果进行生物信息学分析,发掘新基因;对已知基因进行结构延伸；运用实时荧光定量PCR技术对随机筛选出的12差异基因的表达量进行验证。通过基因表达量差异分析,筛选与繁殖性状相关差异表达基因,并对其进行功能注释以及通路分析；主要研究结果如下：(1)利用HiSeq2500进行高通量测序,测序读长为双端125bp。共得到484 992 074条有效数据(Clean Reads),总计61.09 Gb。筛选出1445264个SNP位点。8个样品中平均新预测的可变剪接12883个,并对7481个基因进行了结构完善。与所选的参考基因组序列对比,共发掘4431个新基因。通过与各数据库进行序列对比,1809个新基因得到功能注释,其中1795(99.2%)个新基因与数据库中匹配到的序列具有显著的相似性。新基因GO分析显示,89个新基因参与繁殖相关生物学过程,占总数的2.0%。KEGG分析显示,新基因参与最多的五个通路分别为内吞(Endocytosis)、丝裂原活化蛋白激酶信号通路(MAPK signaling pathway)、泛素介导蛋白降解(Ubiquitin mediated proteolysis)、RNA转运(RNA transport)以及肌动蛋白细胞骨架调控(Regulation of actin cytoskeleton)。(2)高产组与低产组相对比,共筛选出86个差异表达基因,其中45个为新基因。高产组相对于低产组共有48个上调基因,38个下调基因。GO分析结果显示,在生物学过程中,18个基因与繁殖条目相关,包括5个已知基因,分别为透明带糖蛋白2基因(Zona pellucida glycoprotein 2,ZP2)、多巴胺β-羟化酶基因(Dopamine beta-hydroxylase, DBH)、囊性纤维化跨膜传导调节蛋白基因(Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator,CFTR)、中心体蛋白57kDa-like1基因(Centrosomal protein 57kDa-like 1, CEP57L1)和染色体排列维持磷蛋白基因(Chromosome alignment maintaining phosphoprotein 1, CHAMP 1),已有研究表明其中的透明带糖蛋白2基因与繁殖性状密切相关。KEGG分析显示,细胞因子-细胞因子受体相互作用通路是最显著的通路,3个差异表达基因参与这一通路,分别为白介素22受体亚基a2, (Interleukin 22 receptor subunit alpha 2, IL22RA2)、白介素8(Interleukin 8, IL8)和抗穆勒氏荷尔蒙(Anti-Mullerian hormone, AMH),其中AMH基因,在促进鸡卵母颗粒细胞增值起关键作用。(3)采用实时荧光定量PCR技术验证差异表达基因的表达情况,随机选取的12个差异表达基因与转录组测序表达量结果表达趋势一致,表明测序表达量结果准确性高。