本研究对我国味连主产区利川的林下栽连、旱地栽连和稻连轮作3种黄连栽培模式下的土壤主要养分含量、含水量、pH值和微生物数量等进行了分析、比较,同时对目前利川黄连产区存在的四种外观形态不同的黄连品系的主要生理指标如可溶性糖和蛋白质含量以及根茎中的主要生物碱含量进行了测定。结果表明：1.利川3种黄连栽培模式的土壤均偏酸性,含水量在25%左右,但土壤肥力的差异较大。从黄连整个生育期间来看,林下土壤的肥力相对较高,有机质和氮素含量是其它2种栽培模式土壤的2倍左右,虽然其土壤速效磷含量在黄连生长的不同年份间的变化较大,但仍显著高于旱地栽连或稻连轮作土壤的速效磷含量。旱地栽连模式下的土壤全磷、全钾、速效钾含量在黄连生育前期显著高于其它2种模式,到黄连生育后期,稻连轮作土壤的全钾与速效钾含量显著高于旱地、林下栽连的土壤。2.林下土壤的速效氮与速效磷的含量比值(N／P)、速效钾与速效磷的含量比值(K／P)、速效氮与速效钾的含量比值(N／K)较低,并且其土壤微生物种群呈现高真菌、低细菌的特点。稻连轮作模式下,在轮作黄连过程中,其土壤速效氮与速效磷的含量比值(N／P)、速效钾与速效磷的含量比值(K／P)、速效氮与速效钾的含量比值(N／K)都较高,并且其土壤微生物种群呈现出高细菌和放线菌、低真菌的特征；旱地栽连模式下土壤养分、微生物种群数量居中。3.在稻连轮作模式下,种植水稻期间有效增加了土壤有机质和氮含量,速效钾含量也出现上升趋势,但土壤磷量含下降,pH值有所上升；并且土壤主要微生物的数量均随种植年限的增长而增加,种植水稻3年后的土壤细菌、放线菌和真菌分别比种植水稻第1年的增长了3.5、3.7、0.8倍。因此,种植黄连后轮作水稻不仅能调节土壤的养分结构,同时改变了土壤微生物的种群数量,相对降低了对植物潜在危害最大的真菌数量。4.不同品系黄连中有光叶的可溶性糖和蛋白质含量均比无光叶、大花叶、小花叶的含量低,但其根茎中的生物碱含量相对较高,而无光叶根茎中的生物碱含量最低。