随着欧洲一体化的发展，新功能主义关于民众对民族国家的效忠会慢慢转移到超国家权威上的预言并没有实现的迹象，而关于欧盟机构及其政策的合法性却越来越受到关注。1992年丹麦全民公决否定了《马约》，欧盟存在合法性缺失的问题充分暴露出来。 对欧盟陷入“民主赤字”的判断存在着这样的误区，即用现代民主国家的合法性原则来判断欧盟的合法性，对欧盟合法性的探讨应该从标准运用转变为标准的形成。本文分析了在欧盟层次上正在形成的一些新的标准：议会合法性、政府间合作的合法性、功能合法性和程序合法性原则，然而任何单一的原则都无法为欧盟提供充足的合法性支持。欧盟正在形成多元合法性原则相结合的合法性模式，这是一个不断发展的长期过程。 欧洲联盟的设计师让·莫奈选择了新功能主义的道路，采取技术治理先行的方式。在机制中超国家机构的欧盟委员会拥有了双重功能：它既是共同体的执行者，又是共同体的推动者。随之而来的合法性困境在于，如何在追求共同体效率的同时保证它的政治责任性，这个问题在一体化初期即开始萦绕于机制设计的争论中，形成了共同体的多元合法性模式，并且随着一体化的深入而不断地调整。 欧盟需要从效率和责任性两方面进行加强以满足合法性的要求，包括提高决策效率，加强对成员国及欧洲议会对欧盟委员会的监督，提高欧洲议会的地位，也包括从程序的规定上进行严格的限制。欧盟委员推动的公民社会介入的方案也是在加强合法性上的努力探索。