作为清代学术的殿军和民国学术的先驱,章太炎的哲学思想因其艰涩和曲折而为学界所议论不息。在其著作中,《齐物论释》又因为涉猎最广、思辨最深而备受关注。然而,目前学界很少特别注意到《齐物论释》初本与定本之间存在着的文本差异,以及由此而体现出的章太炎的学术思想的变化。本文正是从这一点入手,首先对《齐物论释》初本、定本的文本改动进行梳理与归纳,并在此基础上对两个版本之间的思想差异展开分析。就初本、定本的思想背景而言,两个版本的产生与差异是章太炎在不同时期对三教关系进行把握的结果,即:由朴学转入唯识学,然后经由庄子学消化唯识学,再借由儒学消化改造后的庄子学。就初本、定本的思想框架而言,章太炎在始终坚持“依自不依他”的价值观的前提下,从以唯识学为核心的认识论框架转变为以儒学为基础的本体论框架。由此,《齐物论释》初本、定本的差异体现出章太炎学术思想的两个变动:在思想原理的层面,“体”由否定性转变为肯定性。否定性表现为章太炎在初本中对“齐物”哲学主要以“空性”和“缘生”来诠释;肯定性表现为章太炎在定本的诠释中增加了“种子”和“真如”的部分,以此确立本体的超越意义和积极作用。在价值立场的层面,“相”由批判性转变为建设性。批判性在初本中主要围绕着“尧伐三子之问”一章展开,目的是为了批判各式西方思想和“进步”思潮,具体表现为“无生”;建设性在定本中主要围绕着“庄周梦蝶”一章展开,目的是为了重构和振兴中国传统思想,具体变现为“物化”。