公司章程限制股权转让条款的效力认定之难,突出表现在股份有限公司是否就股份转让享有自治权、公司章程能够在多大程度上限制股权转让、初始章程与后续章程是否对限制股权转让条款的效力产生影响等问题上。解决这些问题,仍应立足我国现有法律体系,不宜对法律条文作过度解释,在维护公司治理基础的同时注重兼顾各方利益,一方面,既然法律未规定非上市股份有限公司享有限制股份转让的自治权,为统一法院处理该案件的适用标准,避免同案不同判现象进一步加剧,应将非上市股份有限公司章程限制股权转让条款归于无效。另一方面,公司不同于合伙,资本多数决仍是公司治理之基础,因限制股权转让的条款规定于后续章程之中而认定无效,不合理亦不合法。但与此相对,章程限制股权转让的“底线”是要保证股东的退出权,除非存在着合理预期,否则股东有随时退出公司的权利,如此便能够在尊重公司自治的同时维护股东权益。本文分为四部分,以提出问题、分析问题、解决问题为逻辑,旨在明确认定公司章程限制股权转让条款效力的标准。第一部分为问题之提出,由于各法院对法条的理解以及所偏重的价值取向不同,相似案情往往存在思路截然相反的判决,不利于公司治理者与相关股东对章程设限股权转让条款的效力作出判断,致使法律的指引与规范作用大打折扣。因此,有必要厘清公司章程限制股权转让的边界问题、明确相关设限条款的效力认定标准。第二部分以国内外不同学者意见为视角分析问题,学者对于价值冲突衍生出的章程能够在何种程度上限制股权转让以及是否有必要区分初始章程与后续章程的问题上尚存争议。一则认为,章程自治作为公司自治的核心,不管是初始章程还是后续章程,不管是强制还是禁止股权转让,皆为商事判断,须予以尊重,承认其效力;一则认为,公司领域中应当坚守股东本位的理念,将股东利益最大化作为目标,唯经股东同意,方能处分其权力,否则,相关章程条款应视为无效。第三部分以争议来源为视角分析问题,关于公司章程限制股权转让条款的效力认定问题之所以“纷争不断”,主要是因为公司章程限制股权转让有其正当性,但同时亦存在价值冲突:公司所固有的人合性及章程的自治属性是公司章程限制股权转让的正当性基础,但该正当性基础又与股东所具有的股权转让自由权相矛盾,从而使得公司章程限制股权转让蕴含着价值冲突。如何对不同的价值进行取舍,便成为探讨如何认定公司章程限制股权转让条款效力的关键。第四部分为问题之解决,经过对实务判例的梳理、对争议来源的分析以及对学界争议的探讨,最终认为,应当以平衡原则为理论支撑,以认定标准为具体“抓手,双管齐下,以便对公司章程设限股权转让条款的效力作出更为准确的认定。应当从认定原则与认定标准两方面入手。首先,平衡原则是认定公司章程设限股权转让条款效力的核心,主要表现在遵守资本多数决规则、维护股东合理预期、立足现有法律体系三个方面;具体至认定标准,仅有限责任公司拥有限制股权转让的章程自治,不可扩大适用至非上市的股份有限公司;基于对公司治理基础的维护,对股权转让设限条款的效力不因载体是初始章程或后续章程而有所不同;公司可依章程对股权转让作出符合公司治理需要的限定,包括限制或禁止特定股东的股权转让以及在一定期限内禁止股权转让,但限度在于,不得剥夺股东自由退出公司的权利,不能够将股东永久性的困于公司。