兰科植物有着极高的观赏价值和经济价值,一直都深受人们的喜爱,兰花产业已成为国际花卉业的重要组成部分。我国兰花资源中一些种不但具有很高的观赏价值,而且具有极高的药用价值。由于过度开采,生境破坏而导致野生兰花资源已濒临灭绝,因此对兰科植物的研究和保护工作已刻不容缓。开展对对兰科植物的系统进化研究,直接关系到对现有资源的有效评价和合理利用,也有利于优质新品种的培育,关乎整个产业的发展。　　 为了能在从分子水平对兰科植物进行较全面的系统进化研究,本研究首先对兰科植物石斛属中的代表种铁皮石斛进行SSR标记的开发,将标记用于石斛属中验证其通用性和多态性,然后将石斛EST-SSR标记扩展到兰科植物材料中,为兰科植物的遗传多样性等相关研究奠定基础。　　 (1)本研究首先对杭州师范大学“浙江省药用植物种质改良与质量控制重点实验室”构建的铁皮石斛cDNA文库进行分析,对4075条EST序列进行搜索,得到了含有838个SSR位点的706条有效EST序列,最终成功开发110对EST-SSR引物。在所有EST序列中的SSR位点中,二、三核苷酸重复类型最多,分别为37.83％和42.96％,四核苷酸重复类型其次(12.53％);六核苷酸重复类型最少,仅占2.98％。　　 (2)成功开发的110对铁皮石斛EST-SSR引物,位于108个EST序列上,其中99条序列在GenBank数据库中搜索到了基因功能注释。将110对引物用于在31种石斛属植物,进行了通用性及多态性分析,研究结果表明,石斛EST-SSR在石斛属通用性和多态性都很高,分别为47.93％和82.58％。　　 (3)将本实验室前期开发的金钗石斛EST-SSR与本研究开发的铁皮石斛EST-SSR用于兰科植物的研究,选择其中在石斛属中通用性＞50％的引物,对兰科的15个属44个材料进行通用性与多态性的分析,结果表明通用性偏低,为25.05％,多态性较好,为55.38％。;将其中有代表性的10对引物扩增结果进行测序,共获得223条序列,对EST-SSR标记在兰科植物中从序列水平上进行分析,最后探讨了兰科植物各属间的系统进化关系。　　 实验结果表明:EST-SSR标记的开发有助于对兰科各属间遗传多样性和亲缘关系的研究,也为保护和开发宝贵的兰花种质资源提供科学的依据。