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本文以野外捕捉的三个地理种群的黑线仓鼠新鲜肝脏为材料,从中提取基因组DNA,以pUC19质粒为载体构建小片段基因组文库,利用PCR法从中筛选高变异微卫星座位。在PCR法筛选中使用由（CA）8/（GA）8寡核苷酸引物和pUC19质粒多克隆位点两侧的M13 Primers M3和RV引物分别配对组成。通过对经过鉴定的3000多个克隆的筛选,获得69个可能含有微卫星的重组阳性克隆。使用DNA序列自动分析仪对这69个可能含有微卫星的重组阳性克隆进行测序,除其中8个克隆的测序信号较弱,无法得到插入片段的序列外,还有15个克隆不含有明显的微卫星序列。在其他46个克隆中共得到36个微卫星序列。其中重复次数在8～20的微卫星序列有14个,占39.9%,重复次数在21～38的微卫星序列有8个,占22.2%。利用BLAST序列分析软件对GenBank数据库进行检索,没找到同源性一致的相应微卫星序列,说明本文得到的36个大仓鼠微卫星序列都是首次发现的。36个黑线仓鼠微卫星序列在GenBank注册,序列号为EF543177～EF543179,EF543184～EF543187,EF489000,EF489001,EF491717,EF530600,EF530605～EF530607,EF530609～EF530611,EF530613,EF530615,EF530618,EF530621,EF530623～EF530625,EF502036,EF532795。在36个微卫星中完美型21个,占57.3%;非完美型10个,占28.8%;复合型5个,占13.9%。从这36个微卫星序列中选取重复区域长、侧翼序列好的座位使用Lasergene6.0和Primer5.0软件设计微卫星序列引物,共设计出10对不含茎环和二级结构的引物。将设计出的10对黑线仓鼠微卫星特异性引物进一步通过琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测,筛选出具有多态性的引物,进而对黑线仓鼠不同地理种群间多态性位点检测并进行统计学分析。结果表明其中有6对能很好的应用于种群遗传多态性分析。在对曲阜吴村、内蒙正蓝旗乌日图塔拉苏木境内沙地（简称内蒙沙地）、内蒙锡林浩特市白音锡勒牧场新六连（简称内蒙羊草）三地的黑线仓鼠种群进行遗传多态性分析时发现,曲阜吴村黑线仓鼠种群遗传多态性最高,其次为内蒙沙地黑线仓鼠种群,最低的是内蒙羊草黑线仓鼠种群。遗传距离和聚类分析表明,吴村黑线仓鼠种群的遗传多态性已经与内蒙沙地和内蒙羊草两地黑线仓鼠种群出现了较大差异。检测到的具有高度多态性的微卫星标记为进一步应用于黑线仓鼠种群内和种群间的遗传多态性研究,以及种群年际间遗传变异的分析奠定了基础。