采用Bead beating法提取了不同生态条件和耕作制度的烟田土壤微生物总DNA,以细菌16S rDNA V3区通用引物对进行降落PCR扩增,产物进行变性凝胶梯度电泳(DGGE),经过对不同生态条件和耕作制度烟田土壤DGGE指纹图谱的分析,主要结论如下:Bead beating法提取土壤微生物总DNA,既保证了DNA不受机械损伤,又兼顾了DNA的质量,提取的微生物DNA可直接用于后续酶反应。单一施用有机肥对土壤微生物多样性影响最大。施用75%无机肥配25%有机肥利于较快提高土壤中微生物多样性。单一施用无机肥降低根际土中微生物多样性,能提高非根际土中微生物多样性。在烟草生长过程中,连作土壤中微生物种群变化幅度最大,微生物多样性最高,其次为间隔2年土壤样品;间隔4年土壤中微生物多样性随烟草生长降低。海拔746m土壤中,非根际土微生物多样性从旺长期到采收期呈降低趋势,根际土相反。海拔933m和海拔1095m土壤中微生物多样性从旺长期到采收期升高,其中海拔1095m的土壤微生物多样性大于海拔933m土壤。随海拔升高,非根际土与对应根际土的相似性降低。海拔越低,旺长期土壤与采收期该土壤的相似性越高。黄棕壤非根际土移栽期时微生物多样性最低,根际土移栽期微生物多样性最高,微生物多样性从烟草旺长期到采收期变化较小。紫色土微生物多样性低于黄棕壤。从旺长期到采收期紫色土微生物多样性降低明显。黄棕壤旺长期与采收期的相似性大于紫色土旺长期与采收期的相似性。