以保护海洋生态环境和海洋生物多样性为出发点建立起来的公海保护区已经成为当今国际社会重点议论的话题。目前为止已有若干公海区域对公海保护区制度进行了实践并取得了一些成绩。然而公海保护区作为一种在公海海域新生的法律规范制度,它的出现必然会和公海中现行的公海自由制度产生冲突。本文将对公海保护区和公海自由分别进行阐述和说明,然后着重对二者之间的冲突进行分析并找到协调冲突的方法。基于上述问题和内容,本文正文通过四部分分别对其进行阐述。第一部分是公海保护区和公海自由的概述。通过对公海保护区的产生历程和相关概念综合分析得出公海保护区的定义,进而对公海保护区在国际社会上得以初步实践的发展现状和根据实践中公海保护区所处海域划分的两种实践模式分别进行阐述。接着阐述了公海自由逐渐受到限制的演变过程和公海自由的现有内容。最后得出公海保护区和公海自由之间的关系是既有联系又有冲突。第二部分是公海保护区和公海自由之间的冲突。对公海保护区和公海自由之间的冲突进行了分析,指出二者的冲突形式主要表现在理念、内容和管辖权上。进一步分析得出二者的冲突主要是由利益分配的不同、《联合国海洋法公约》的滞后性和全球化治理的发展共同导致的。冲突所产生的后果将对公海利益的分配产生影响,但同时冲突的合理解决也将促进各自制度的成熟,也使将来公海管理和利益分配更加完善。第三部分是公海保护区与公海自由冲突的协调。公海保护区和公海自由之间的冲突是可协调的,协调的基础就在于忠实履行国际义务原则和国际合作原则这类国际法基本原则以及条约义务。二者冲突协调的方向路径可以分为分片化的区域管理和统一性的全球规制。不同的协调路径对应着多样的具体协调方式,这其中就包括深化国际间区域合作、建立新国际执行协定和完善国际公海保护区配套法律制度。第四部分是我国面临的影响及建议。公海保护区和公海自由冲突下的公海环境对中国所造成的影响,既有公海保护区给我国在公海资源利用和技术、资金和管理上获得支持以及提升我国国际地位上带来的有利影响,又有我国在当前公海自由下的权益受到限制的不利影响。我国需要通过参与公海保护区法规制定、加入区域性公海保护区和完善海洋保护区国内立法等策略维护我国海洋权益,维护公海自由下我国应该获得的利益,并同时承担公海保护区相应的义务。我国公海权益涉及利益重大,在立足海洋强国的理念下应平衡好公海保护区和公海自由之间的关系,在确保公海自由下我国当前的公海利益的同时,也要积极参与主导公海保护区的建设和法律制度的构建,巩固与发展我国在国家海域中的权益。