农村信用社作为支持“三农”建设发展的金融机构，在各级监管机构的监督下，农村信用社实现体制的改革，经营逐步规范化，资产质量得到提高，经营风险也大幅降低。为地方农村经济发展中起到了举足轻重的作用。但面对复杂多变的经济环境，与日趋竞争激烈的市场，只有提高农村信用社的管理能力，增强核心竞争力，安全经营，提高企业效益，才能使企业迅速适应市场变化，更好服务于农村经济。政府绩效审计就是为促进农村信用社的效率、效益与效果而进行经济监督行为，促使农村信用社规范经营、提高效益、提升创新与竞争能力。但在近几年的政府绩效审计过程中，审计的内容一直局限在业务上合规、财务上达标的财务方式的审计。因此加强对农村信用社政府绩效审计方面的研究是很有重大意义的。本文研究的对象是新疆农村信用社的政府绩效审计，从新疆农村信用社政府绩效审计现状出发，通过对该审计项目的审计目标、审计特点、审计方法与审计指标的分析，探讨了当前政府绩效审计存在的优缺点。为了提高政府绩效审计效应，满足企业经济管理与经济效益的需要，论述分析了平衡计分卡这种新型战略管理与评价工具应用于该项目审计的可行性与必要性，借鉴与继承平衡计分卡的四维度评价模式，从财务、内部流程、客户、学习与成长四个方面制定相关指标对农村信用社业绩进行审计评价。并依据政府绩效审计的特点，使政府绩效审计不流于形式，增加了问责整改维度，既是对被审计单位的考核，也是对审计本身效果的考核。使审计评价指标更合理、更完整。本文通过借鉴国内其他银行监管机构的考核指标，结合当地地方特点，制定了政府绩效审计的指标体系与指标衡量标准值。对农村信用社的政府绩效审计分解为可量化审计评价。实现审计的客观性、全面性、规范性。对提高农村信用社的政府绩效审计，进一步促进该社完善经营管理体制、增强核心竞争要素，提高市场竞争力起到重要作用。