黑腹果蝇种组(melanogaster species group)隶属于果蝇属(Drosophila genus)、水果蝇亚属(Sophophora subgenus),至少有180余种,按形态特征分为12个种亚组。到目前为止,虽然已经有很多基于不同角度对黑腹果蝇种组的系统发育关系的研究,但由于多种原因它的分类和系统发育关系仍然存在不少争议。本研究以Hsp23基因和Hsp27基因为标记,对黑腹果蝇种组23个种的标记序列直接测序并利用各种方法对序列进行了检验分析,结果表明这两个标记的蛋白质编码区段(Sequence coding for amino acids in protein, CDS)比较保守,明显受到纯化选择。其较高的Ks/Ka比值及GCⅢ含量都证明这点。选择亲缘关系较近的D.pseudoobscura和D.persimilis为外群,运用邻接法、最大似然法和贝叶斯法三种方法分别和联合构建了melanogaster种组的系统进化树,分析其系统发育关系。结果显示：ananassae(?)亚组最先分化,然后是montium, melanogaster(?)东亚各种亚组随后分成两枝。melanogaster(?)亚组中D.simulans和D.mauritiana亲缘关系最近,与D.sechellia和D.melanogaster聚为一支：D.erecta及D.teissieri, D.yakuba聚为第二支系。嗜凤梨种亚组(ananassae subgroup)四个种的Hsp27基因存在其它种组都不具有的内含子,极有可能是嗜凤梨种亚组的果蝇在进化过程中新获得的,这为嗜凤梨种亚组的系统发育关系的重新确立提供了宝贵的信息。由于热激蛋白表达和调控的特殊性,这段内含子显得极具研究价值。