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海水入侵作为全球问题,是滨海地区主要环境灾害之一。其判别指标和监测方法的确定,直接关系到是否发生海水入侵以及对入侵程度的评价。本工作以龙口市为主要研究区,大沽河为辅助研究区,通过野外监测和定期取样,利用高通量测序方式探究了研究区咸淡水过渡区中地下水微生物群落多样性、结构、相互作用关系和功能特性在时间（季节）与空间（纬度）上的特征,同时结合物化指标与室内培养实验,证明微生物分析是一种可用于研究海水入侵的方法。在研究结果的基础上得到的主要结论如下:1)龙口市研究区咸淡水过渡区中地下水的Cl-和TDS由海岸向内陆方向呈下降趋势,咸淡水界面位置在监测点DZ2与DZ3之间。灌溉水中微生物群落的多样性最高,海水最低。地下水微生物群落受多种环境因子影响,DO是影响其多样性与结构分布的重要因素。海洋螺菌目（Oceanospirillales）和交替单胞菌科（Alteromonadaceae）可作为海水入侵的微生物指标。2)季节性变化对龙口市研究区咸淡水过渡区中地下水微生物群落造成影响。食酸菌属（Acidovorax）和噬氢菌属（Hydrogenophaga）分别是枯、丰水期的优势物种,且变化与NO3-有关。TOC是影响枯水期地下水微生物群落多样性和结构的主要因素,而NO3-在丰水期响应显著。DO和地下水位在两个季节对微生物群落都有较大的影响。海水入侵的增强降低了微生物网络规模,丰枯水期微生物间的相互作用差异明显,枯水期的连接更为紧密。3)不同海岸带咸淡水过渡区中地下水微生物群落差异明显。大沽河研究区受海水入侵影响严重,龙口市研究区存在明显的阳离子交换作用。龙口市研究区的反硝化细菌高于大沽河研究区,而后者具有硫酸根离子还原能力的细菌高于前者。两个研究区微生物功能特性差异显著,龙口市研究区微生物代谢功能高于大沽河研究区。4)在模拟实验中,微生物群落多样性在海水含量为2.5%和75%环境下表现为最高和最低。咸淡水驱替作用的增强对群落多样性有促进作用。黄杆菌科（Flavobacteriaceae）和红杆菌科（Rhodobacteraceae）与海水含量呈显著正相关,证明其可作为海水入侵的新指标。强驱替作用对微生物群落功能特性有较大影响,所处环境中海水含量越低,其影响越大,而弱驱替作用对其影响较小。本研究对于以微生物作为新式海水入侵指标有着重要的科学意义,为深入理解沿海含水层生态系统的结构与功能提供科学依据。