自改革开放以来,我国经济得到腾飞式的发展,但开发过程中对水资源的污染既对我国生态环境造成严重破坏,也会对人民的生活质量和身心健康造成严重影响,反而会制约我国经济的长远发展。在严峻的水资源形势下,“河长制”应运而生,将生态健康作为主要考核目标之一,要求地方官员切实参与到地方水资源保护工作中,对完善国家治理体系、维护国家生态健康等方面都具有重大意义。然而,纵观我国现已开展的流域水资源审计案例,均未将河长履职情况纳入审计范围,也缺乏一套与河长制挂钩的水资源审计体系,长此以往将严重削弱“河长制”的效果和约束力,不利于“河长制”在我国长远推行。本文基于上述问题,通过:一、梳理了我国近15年来公开披露的水资源审计案例,整理我国流域水资源审计面临的主要问题,二、系统分析国内外文献、资料及各国审计署公开的水资源审计案例,总结先进经验;三、学习、研究相关理论基础并加以运用;四、邀请职能部门领导、行业专家、高校教授等开展权威专家座谈会,并归纳会议成果等四个步骤,开展河长制背景下流域水资源审计研究,总结出一套科学、全面,并能将河长履职情况融入其中的河长制背景下流域水资源审计指标体系和详细的打分标准。同时,本文与F省审计厅、“河长制”相关职能部门等开展深度合作,全面参与到F省流域水资源审计的实地调研工作中,开展有关河长履职情况的审计,学习审计方法、评价审计证据,并总结实务工作中的具体审计内容,希望能充实河长制背景下流域水资源审计体系。最后,基于以上成果提出解决我国流域水资源审计主要问题的建议,希望能为我国河长制背景下流域水资源审计体系的建立提供帮助。