目的：研究内蒙古自治区结核分枝杆菌（MTB）谱系分布及其与耐药表型的关系，为本地区结核病防控提供分子流行病学依据。　　方法：（1）收集2001年世界卫生组织/国际防痨和肺部疾病联盟（WHO/IUATLD）组织的全球耐药监测中来自内蒙古自治区7个盟市30个监测点结核分枝杆菌1105株及其菌株背景资料（包括患者姓名、性别、年龄、初复治、药敏结果、各采样点名称）。（2）煮沸法粗提菌株DNA，用于菌种鉴定和基因分型。（3）利用多重PCR技术对经传统方法初步鉴定为牛分枝杆菌的菌株行菌种鉴定。（4）运用长序列多态性（LSP）分型技术对经鉴定为结核分枝杆菌的1105株菌株进行谱系鉴定，对经鉴定的北京谱系MTB进一步行RD181为靶标的“古老”或“现代”亚谱系分型，并结合菌株对应的患者信息，采用χ2检验分析不同谱系MTB的分布及其与耐药的相关性。P<0.05有统计学意义。　　结果：（1）使用PNB-TCH方法筛查出牛分枝杆菌67株，经多重PCR菌种鉴定，证实其全部为结核分枝杆菌。（2）经LSP方法将1105株MTB分为两大谱系，其中北京谱系占81.63％(902/1105)，欧美谱系占18.37％(203/1105)；北京谱系中“现代型”占95.79%（864/902），“古老型”占4.21%（38/902）。（3）患者的年龄、性别、治疗史与感染MTB的谱系无关（P>0.05）；在耐链霉素菌株中，北京谱系MTB的比例显著高于欧美谱系MTB（χ2=11.52，P=0.00069），在其他耐药表型中两谱系的分布均无显著性差异（P>0.05）；在7个盟市中，北京谱系所占比例数均高于欧美谱系，但经统计学分析，只有乌兰察布市北京谱系与欧美谱系分布具有显著性差异（χ2=6.66，P=0.0099），其他6个盟市两谱系均无显著性差异（P>0.05）；在内蒙古自治区东、中部，北京谱系与欧美谱系的分布具有显著性差异（χ2=7.74，P=0.0054<0.05、χ2=8.11，P=0.0044<0.05），西部地区两谱系的分布无显著性差异（χ2=0.11，P=0.74>0.05）。（4）“现代型”北京谱系与“古老型”北京谱系在患者的年龄、性别、治疗史、耐药史均无显著性差异（P>0.05）；只有在鄂尔多斯市（西部地区），“现代型”北京谱系与“古老型”谱系分布具有显著性差异（χ2=14.96，P=0.00011<0.05），其他地区两亚谱系的分布均无显著性差异（P>0.05）。　　结论：（1）牛分枝杆菌在内蒙古地区肺结核流行中不具有重要公共卫生意义，日常实验室检测和肺结核治疗中无需特意考虑牛分枝杆菌感染。（2）内蒙古地区MTB由北京谱系和欧美谱系构成，未发现其他谱系，且以“现代型”北京谱系为主。（3）感染北京谱系与欧美谱系的患者在年龄、性别、初复治上均无显著性统计学意义（P>0.05），提示这两个谱系在内蒙古地区传播时间已久；北京谱系MTB和欧美谱系MTB的只有在耐链霉素比例中具有显著性差异（P<0.05），然而，链霉素在各谱系中的耐药机制尚未明确，因而，今后有必要对链霉素的耐药机制作进一步研究；北京谱系与欧美谱系在东、中部地区（包括乌兰察布市）的分布具有明显差异（P<0.05），而在西部地区无明显差异，可能与当时采样点的选择有关，西部地区只有鄂尔多斯市一个采样点，并不能完全代表西部地区，故而不能区分北京谱系与欧美谱系分布的差异。（4）“现代型”北京谱系与“古老型”北京谱系在患者的年龄、性别、治疗史、耐药史均无显著性差异（P>0.05），说明北京谱系在进化过程中所形成的亚谱系传播与以上因素无关；菌株产生耐药性并不是引起“现代型”北京谱系广泛流行的主要因素，其广泛传播的原因可能是由于其他的机制造成的。